ओरल माइक्रोबायोलॉजी मौखिक गुहा के सूक्ष्मजीवों (माइक्रोबायोटा) और मौखिक सूक्ष्मजीवों के बीच या मेजबान के साथ उनकी बातचीत का अध्ययन है। मानव मुँह में मौजूद वातावरण वहाँ पाए जाने वाले विशिष्ट सूक्ष्मजीवों के विकास के लिए अनुकूल है। यह पानी और पोषक तत्वों का स्रोत, साथ ही मध्यम तापमान भी प्रदान करता है। मुंह के निवासी रोगाणु मुंह से पेट तक यांत्रिक फ्लशिंग का विरोध करने के लिए दांतों और मसूड़ों से चिपके रहते हैं जहां एसिड-संवेदनशील रोगाणु हाइड्रोक्लोरिक एसिड द्वारा नष्ट हो जाते हैं।