उष्णकटिबंधीय मछली के रोग बैक्टीरिया, कवक या परजीवियों के कारण हो सकते हैं। आमतौर पर देखी जाने वाली उष्णकटिबंधीय मछली की बीमारियाँ सेप्टीसीमिया, कॉटन रोग, ड्रॉप्सी, फिन रोट, आईसीएच, स्विम ब्लैडर संक्रमण, पॉप आई, सिर में छेद आदि हैं।
इन बीमारियों का इलाज कनामाइसिन सल्फेट, नियोमाइसिन सल्फेट, पिमाफिक्स, मेलाफिक्स, कंट्रास्ट, फंगिस्टॉप, वॉटरलाइफ क्यूप्राजिन, वॉटरलाइफ मायक्साजिन, वॉटरलाइफ प्रोटोजिन, वॉटरलाइफ स्टेराजिन से किया जा सकता है। टैंक का तापमान बढ़ाकर परजीवी संक्रमण का इलाज किया जा सकता है।