आणविक पादप विकृति विज्ञान वर्णन करता है कि कैसे रोगज़नक़ रोग का कारण बनते हैं, जिसमें पौधे, रोगज़नक़ों और जीनों के बीच आणविक संकेतन का विश्लेषण भी शामिल है। रोग को नियंत्रित करने और इस प्रकार फसल की उपज को अधिकतम करने के लिए आणविक पादप विकृति विज्ञान का उपयोग किया जा सकता है। इसमें पादप रोगविज्ञान के तीन मुख्य क्षेत्रों को शामिल किया गया है: कैसे रोगजनक बीमारी का कारण बनते हैं; (पौधे और रोगज़नक़ के बीच होने वाला आणविक संकेतन); पौधे रोग का प्रतिरोध कैसे करते हैं (प्रतिरोध जीन, एपोप्टोसिस और प्रणालीगत-अधिग्रहित प्रतिरोध के बारे में क्या पता है)।
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