झिल्लियों के संदूषण के कारण अधिक ऊर्जा का उपयोग होता है, उच्च सफाई आवृत्ति होती है और झिल्ली का जीवनकाल कम होता है। झिल्ली संदूषण को आमतौर पर फाउलिंग कहा जाता है। झिल्लियों की गंदगी को कम करने के लिए इष्टतम संचालन की स्थिति और छिद्र का आकार छिद्र के आकार से कण के आकार के अनुपात और विलेय और झिल्ली के बीच भौतिक रासायनिक अंतःक्रिया पर निर्भर करता है। झिल्ली के खराब होने से फ्लक्स में गंभीर गिरावट हो सकती है। फाउलेंट विभिन्न प्रकार के होते हैं: कोलाइडल (मिट्टी, फ्लॉक्स), जैविक (बैक्टीरिया, कवक), कार्बनिक (तेल, पॉलीइलेक्ट्रोलाइट्स, ह्यूमिक्स) और स्केलिंग (खनिज अवक्षेप)
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