जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

आर और बायोकंडक्टर का उपयोग करके उच्च थ्रूपुट जीनोमिक डेटा का विज़ुअलाइज़ेशन

रुचि यादव और प्राची श्रीवास्तव

डीएनए माइक्रोएरे, प्रौद्योगिकी का उद्देश्य कई जीनों के लिए एक साथ विशेष कोशिकाओं या ऊतकों में mRNA के स्तर को मापना है। आणविक जीव विज्ञान में माइक्रोएरे के परिणामस्वरूप विशाल डेटासेट होते हैं, जिन्हें किसी निष्कर्ष पर ले जाने वाली जैविक जानकारी निकालने के लिए कठोर कम्प्यूटेशनल विश्लेषण की आवश्यकता होती है। माइक्रोएरे चिप की छपाई से लेकर हाइब्रिडाइजेशन और स्कैनिंग प्रक्रिया तक, इसके परिणामस्वरूप डेटा की गुणवत्ता में भिन्नता होती है, जिसके कारण वास्तविक जानकारी या तो खो जाती है या उसका अधिक प्रतिनिधित्व किया जाता है। कम्प्यूटेशनल विश्लेषण माइक्रोएरे परिणामों में अंतर्निहित जैविक जानकारी के प्रसंस्करण से संबंधित और जैविक व्याख्या के लिए विभिन्न स्थितियों में विभिन्न नमूनों से प्राप्त जीन अभिव्यक्ति परिणाम की तुलना करने में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। एक बुनियादी, फिर भी चुनौतीपूर्ण कार्य माइक्रोएरे जीन अभिव्यक्ति डेटा का गुणवत्ता नियंत्रण और विज़ुअलाइज़ेशन है। माइक्रोएरे विश्लेषण के लिए सबसे लोकप्रिय प्लेटफार्मों में से एक बायोकंडक्टर है, जो आर प्रोग्रामिंग भाषा पर आधारित जीनोमिक डेटा के विश्लेषण और समझ के लिए एक ओपन सोर्स और ओपन डेवलपमेंट सॉफ्टवेयर प्रोजेक्ट है। यह पेपर GEO डेटाबेस GSE53890 से डेटा का उपयोग करके एफिमेट्रिक्स जीन चिप के गुणवत्ता मूल्यांकन के लिए विशिष्ट प्रक्रियाओं का वर्णन करता है और विस्तृत विश्लेषण के लिए विज़ुअलाइज़ेशन प्लॉट के संदर्भ में बायोकंडक्टर के गुणवत्ता नियंत्रण पैकेजों का वर्णन करता है। यह पेपर वैज्ञानिक व्याख्याओं के साथ एफिमेट्रिक्स चिप के गुणवत्ता नियंत्रण विश्लेषण के लिए माइक्रोएरे विश्लेषण पर काम करने वाले किसी भी शोधकर्ता के लिए मददगार हो सकता है।