जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

2D वितरण पर जीनोम के सममित गुणों का पता लगाने के लिए वैरिएंट मानचित्र निर्माण

जेफरी झेंग, वेइकियोंग झांग, जिन लुओ3, वेई झोउ1 और वेरोनिका लिसापुत्रा

विज़ुअलाइज़ेशन विधियों ने मानव जीनोम परियोजना में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई है। ENCODE जैसी अन्य अंतर्राष्ट्रीय परियोजनाओं में आगे के विकास के बाद, बड़ी संख्या में जीनोम डेटाबेस स्थापित किए गए हैं और बड़े पैमाने पर जीनोमवाइड जीन अभिव्यक्ति माप विकसित किए गए हैं। वर्तमान स्थिति में, कम्प्यूटेशनल सेल बायोलॉजी में लक्ष्यों को अनुक्रमिक डेटा एकत्र करने से उच्च-स्तरीय व्याख्या करने और जीनोम के लिए कुशल सामग्री-आधारित पुनर्प्राप्ति तंत्र की खोज करने के लिए स्थानांतरित करना आवश्यक है। स्तनधारी जीनोम हजारों बड़े गैर-कोडिंग आरएनए (lncRNAs) को एनकोड करते हैं, जिनमें से कई जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं, क्रोमेटिन विनियामक परिसरों के साथ बातचीत करते हैं, और इन परिसरों को जीनोम में लक्ष्य लोकी में स्थानीयकृत करने में भूमिका निभाने के लिए माना जाता है। उच्च आयामी विज़ुअलाइज़ेशन टूल का उपयोग करके, उनके जटिल इंटरैक्टिव गुणों को विभिन्न दृश्य मानचित्रों के रूप में व्यवस्थित किया जा सकता है। इस पत्र में एक उभरती हुई योजना के रूप में वैरिएंट मैप कंस्ट्रक्शन VMC को व्यवस्थित रूप से प्रस्तावित किया गया है ताकि कई मानचित्रों को लागू किया जा सके जो DNA या RNA अभ्यावेदन के समान चार मेटा प्रतीकों का उपयोग करते हैं। VMC पर प्रमुख घटकों और कोर तंत्र की सिस्टम वास्तुकला का वर्णन किया गया है। मुख्य मॉड्यूल, प्रासंगिक समीकरण और उनके I/O मापदंडों पर चर्चा की गई है। VMC प्रणाली का उपयोग करते हुए, 2D मानचित्रों में प्रासंगिक DNA अनुक्रमों के बीच आंतरिक संबंधों के उच्च स्तरों में उनके दृश्य गुणों को दिखाने के लिए कई वास्तविक अनुक्रमों के दो DNA डेटा सेटों का परीक्षण किया जाता है। वेरिएंट मैप निर्माण के 2D मानचित्रों के तहत प्रासंगिक जीनोम अनुक्रमों पर उनके आंतरिक गुणों और सममित विशेषताओं का पता लगाने के लिए दृश्य परिणामों का संक्षेप में विश्लेषण किया जाता है। नमूना 2D मानचित्रों का एक सेट शामिल किया गया है और उनकी विशेषताओं को विभिन्न नियंत्रणीय वातावरण के तहत चित्रित किया गया है।