जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

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बेहतर परिशुद्धता चिकित्सा की ओर: पैकबायो एकल-अणु दीर्घ पठन स्पष्ट क्वासिस्पेसीज़ (हैप्लोटाइप) स्तर पर एचआईवी दवा प्रतिरोधी उत्परिवर्तन प्रोफाइल की व्याख्या को हल करता है

दा वेई हुआंग, कैसल रैले, मिन कांग जियांग, शिन झेंग, डुन लियांग, एम तौसीफ रहमान, हेलेन सी हाईबर्गर, ज़ियाओली जिओ, ब्रैड शर्मन, लियांग मा, ज़ियाओफ़ेंग चेन, थॉमस स्केली, जेनिफर ट्रॉयर, रॉबर्ट स्टीफंस, टोमोज़ुमी इमामिची, ऐलिस पाउ, रिचर्ड ए लेम्पिकी, बाओ ट्रान, ड्वाइट निस्ले, एच ​​क्लिफोर्ड लेन और रॉबिन एल देवर

एचआईवी-1 दवा प्रतिरोध उत्परिवर्तन (एचडीआरएम) का विकास एंटीरेट्रोवायरल थेरेपी की नैदानिक ​​विफलता के प्रमुख कारणों में से एक है। रोगी के एचडीआरएम प्रोफाइल के आधार पर व्यक्तिगत एंटी-एचआईवी रेजिमेंस को लागू करके उपचार की सफलता दर में सुधार किया जा सकता है। हालाँकि, एचडीआरएम प्रोफाइल की संवेदनशीलता और विशिष्टता पता लगाने के लिए उपयोग की जाने वाली विधियों द्वारा सीमित है। सिंगल न्यूक्लियोटाइड वैरिएंट (एसएनवी) स्तर पर एचडीआरएम प्रोफाइल निर्धारित करने के लिए पारंपरिक रूप से सेंगर-आधारित अनुक्रमण तकनीक का उपयोग किया जाता है, लेकिन रोगी की एचआईवी आबादी में केवल ≥ 20% की संवेदनशीलता के साथ। नेक्स्ट जनरेशन सीक्वेंसिंग (एनजीएस) तकनीकें अधिक पहचान संवेदनशीलता (~ 1%) और बड़ा दायरा (प्रति रन सैकड़ों नमूने) प्रदान करती हैं। हालाँकि, एनजीएस तकनीकें ऐसे रीड्स का उत्पादन करती हैं जो मौजूद प्रत्येक एचआईवी स्ट्रेन के हैप्लोटाइप में व्यक्तिगत एसएनवी के भौतिक संबंधों का पता लगाने में सक्षम होने के लिए बहुत कम हैं। इस लेख में, हम प्रदर्शित करते हैं कि थर्ड जनरेशन सीक्वेंसर (TGS), पैकबायो RS II का उपयोग करके उत्पन्न एकल-अणु लंबे रीड्स, उचित जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण विधि के साथ, HDRM प्रोफ़ाइल को अधिक उन्नत क्वासिस्पेसिस स्तर पर हल कर सकते हैं। रोगियों के एचआईवी नमूनों पर केस स्टडीज़ ने दिखाया कि पैकबायो विधि का उपयोग करके उत्पादित क्वासिस्पेसिस दृश्य अधिक पहचान संवेदनशीलता प्रदान करता है और HDRM स्थितियों को समझने के लिए अधिक व्यापक है, जो सेंगर और NGS दोनों तकनीकों का पूरक है। निष्कर्ष में, पैकबायो विधि, HDRM प्रोफाइलिंग का एक आशाजनक नया क्वासिस्पेसिस स्तर प्रदान करते हुए, एचआईवी दवा प्रतिरोध अनुसंधान के क्षेत्र में एक महत्वपूर्ण बदलाव ला सकती है।