जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

वास्तविक समय मात्रात्मक पॉलीमरेज़ चेन रिएक्शन का उपयोग करके बायोमार्कर और बायोसेंसर के रूप में प्लास्टोम की संभावित भूमिका

अमिता पांडे*, शिफा चौधरी, बीनू भट्ट

प्लास्टिड अर्ध-स्वायत्त यूकेरियोटिक अंग हैं जो पौधों के लिए विशिष्ट हैं और प्रकाश संश्लेषण, ऊर्जा उत्पादन, विकास, तनाव धारणा, भंडारण, फूल और फल पकने सहित कई महत्वपूर्ण और महत्वपूर्ण कार्य करते हैं। अध्ययनों से पता चला है कि प्लास्टिड उपप्रकार क्लोरोप्लास्ट की संख्या जैविक और अजैविक तनावों से प्रभावित होती है और प्लास्टिड में मौजूद प्लास्टोम कॉपी नंबर (पीसीएन), गोलाकार डीएनए अणु विकासात्मक चरण और पर्यावरणीय उत्तेजनाओं द्वारा विनियमित होते हैं। यह अध्ययन पहली बार कपास के पत्तों और लिंट के नमूनों और कपास, चावल, सोयाबीन, मक्का और तिल के बीज के नमूनों से प्लास्टिड टीआरएनए विशिष्ट प्राइमरों का उपयोग करके दो साल की अवधि में प्राप्त वास्तविक समय qPCR डेटा को पार्स करने के आधार पर एक बायोमार्कर और बायोसेंसर के रूप में पीसीएन के उपयोग का प्रस्ताव करता है। पीसीएन का इस्तेमाल किया जा सकता है क्योंकि परमाणु डीएनए के विपरीत पीसीएन को आंतरिक और बाहरी दोनों कारकों द्वारा संशोधित किया जाता है, इस विधि को प्लास्टोम अनुक्रम के पूर्व ज्ञान की आवश्यकता नहीं होती है क्योंकि उपयोग किए जाने वाले प्राइमर सभी पौधों की प्रजातियों के प्लास्टोम को लक्षित करने वाले सार्वभौमिक प्राइमर होते हैं, पीसीएन परमाणु की तुलना में बहुत अधिक होता है, और पीसीएन को क्यूपीसीआर परख द्वारा तेजी से निर्धारित किया जा सकता है। कपास के बीज और कच्चे कपास के औसत सीटी मान, औसत लॉग पीसीएन मान और लॉग पीसीएन मानों की सीमा के विश्लेषण से पता चला है कि दो साल की अवधि में विभिन्न स्रोतों से संसाधित और प्राप्त नमूनों में पीसीएन समूह के भीतर अत्यधिक अपरिवर्तनीय था, जो विभिन्न नमूनों के बीच 4 प्लास्टोम यानी लॉग 0.58 तक का अंतर दिखाता इसके अलावा, छिलके वाले चावल (आरएस) के लिए कम औसत पीसीएन (लॉग 2.9) और उच्च श्रेणी के पीसीएन (लॉग 3.09) का अवलोकन, जबकि छिलके वाले चावल (आरपी) के लिए उच्च औसत पीसीएन (लॉग 3.86) और निम्न श्रेणी के पीसीएन (लॉग 0.05) का अवलोकन, जहां छिलके फसल कटाई के बाद प्रसंस्करण और भंडारण के दौरान चावल के बीज की रक्षा करते हैं, यह सुझाव देते हैं कि पीसीएन बीज की गुणवत्ता का एक संकेतक हो सकता है। हमारी धारणा का समर्थन करने के लिए कि पीसीएन को अजैविक कारकों द्वारा संशोधित किया जा सकता है चावल के बीजों को उच्च तापमान और नमी के साथ उपचारित किया गया, उच्च तापमान के संपर्क में आने वाले बीजों ने अनुपचारित बीजों की तुलना में उच्च औसत सीटी मान प्रदर्शित किया, जो पीसीएन में कमी का संकेत देता है। निष्कर्ष में, पीसीएन को संभावित रूप से बायोमार्कर और बायोसेंसर के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है।