जर्नल ऑफ माइक्रोबियल एंड बायोकेमिकल टेक्नोलॉजी

अमूर्त

बैक्टीरिया के qPCR जांच पर पूर्व उपचार के प्रभाव - बैक्टीरिया संकेतक, एक मॉडल के रूप में एंटरोकॉकस

शिन गीक गोह और करीना यू-हूंग गिन

वर्तमान मनोरंजक जल दिशानिर्देश (जैसे यूएसईपीए और डब्ल्यूएचओ) एंटरोकोकी को मीठे पानी और समुद्री पानी दोनों के लिए संकेतक के रूप में सुझाते हैं। एंटरोकोकी की उपस्थिति को मापने के लिए दशकों से संस्कृति-आधारित विधि का उपयोग किया जाता रहा है। वर्ष 2012 में, मनोरंजक पानी के लिए यूएसईपीए दिशानिर्देश में एंटरोकोकी का पता लगाने के वैकल्पिक तरीके के रूप में qPCR को शामिल किया गया था। qPCR विधि को संस्कृति-आधारित विधि के रूप में लंबे ऊष्मायन समय की आवश्यकता नहीं होती है। इसके अलावा, यह उच्च विशिष्टता और संवेदनशीलता का पता लगाने के फायदे प्रदान करता है। फिर भी, qPCR तीन मुख्य सीमित कारकों से बाधित है। qPCR द्वारा विश्लेषण किए जा रहे नमूने की छोटी मात्रा में सीमित लक्ष्य कोशिका हैं, अवरोधकों की उपस्थिति जो आसानी से qPCR की संवेदनशील पहचान को प्रभावित कर सकती है (ii) पॉलीकार्बोनेट झिल्ली के साथ निस्पंदन और (ii) अपकेंद्रण, उनकी पुनर्प्राप्ति दर के लिए जांच की गई। पॉलीकार्बोनेट झिल्ली के साथ निस्पंदन नमूना मैट्रिसेस की परवाह किए बिना उच्च पुनर्प्राप्ति दक्षता और स्थिरता परिणाम देने वाला पाया गया। पारंपरिक डीएनए निष्कर्षण और दो व्यावसायिक रूप से उपलब्ध डीएनए निष्कर्षण किटों का मूल्यांकन निकाले गए डीएनए की शुद्धता और निष्कर्षण की सापेक्ष पुनर्प्राप्ति दक्षता के अनुसार किया गया। परिणाम दिखाते हैं कि वाणिज्यिक किट, QIAamp® डीएनए मिनी किट (क्यूजेन) ने सबसे अच्छा प्रदर्शन दिया। QIAamp® डीएनए मिनी किट में सिलिका झिल्लियों का अनुप्रयोग अवरोधकों के न्यूनतम हस्तक्षेप के साथ डीएनए पुनर्प्राप्ति को बढ़ाने के लिए सिद्ध हुआ। एथिडियम मोनोएज़ाइड (ईएमए) और प्रोपिडियम मोनोएज़ाइड (पीएमए)