जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

मेनिन्जाइटी ई. कोली K1 में एक संभावित डीहाइड्रोलिपोमाइड डीहाइड्रोजनेज, CglE के FAD-बाइंडिंग डोमेन का संरचनात्मक लक्षण वर्णन

यी-मिंग वांग और हांग काओ

होमोलॉजी मॉडलिंग द्वारा ई. कोली K1 CglE, एक डीहाइड्रोलिपोमाइड डिहाइड्रोजनेज (DLDH) के FAD-बाइंडिंग डोमेन की संरचनात्मक विशेषताओं को चिह्नित करना। ई. कोली K1 और अन्य DLDHs के CglE से FAD-बाइंडिंग डोमेन के a-सबयूनिट के साथ N-टर्मिनल अवशेषों 1-70 की अनुक्रम समानता ने CglE के FAD-बाइंडिंग डोमेन के डिजाइन के लिए एक आधार प्रदान किया। CglE के लिए होमोलॉजी मॉडलिंग के लिए कोई भी संतुष्ट टेम्पलेट न मिलने के परिणामस्वरूप, मल्टी-टेम्प्लेट मॉडलिंग के लिए एक ऑनलाइन होमोलॉजी मॉडलिंग प्रक्रिया द्वारा दो टेम्पलेट (PDB कोड 2q7vA और 1jehA) प्राप्त किए गए। उच्च गुणवत्ता वाला लक्ष्य प्रोटीन प्राप्त करने के लिए, एक कम्प्यूटेशनल बायोइनफॉरमैटिक सॉफ़्टवेयर एक्सेलरी डिस्कवरी स्टूडियो क्लाइंट 2.5 और कई स्वचालित ऑनलाइन सर्वर का उपयोग किया गया। संरेखण की अपेक्षाकृत कम पहचान के कारण, होमोलॉजी मॉडल को बेहतर बनाने के प्रयास में दो टेम्पलेट को ध्यान में रखा गया। तैयार मॉडल की गुणवत्ता का मूल्यांकन एमडी सिमुलेशन, ऊर्जा न्यूनीकरण, रामचंद्रन प्लॉट और अन्य मापों सहित ज्यामितीय और ऊर्जा दोनों पहलुओं के आधार पर किया गया था।