जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

पीजीआर: प्रोटीन 3डी-संरचनाओं का एक नया ग्राफ भंडार

वाजदी ढिफली और अब्दुलाये बनिरे डायलो*

ग्राफ सिद्धांत और ग्राफ खनन, ग्राफ की संरचनाओं, टोपोलॉजी और गुणों का अध्ययन करने के लिए कम्प्यूटेशनल तकनीकों के समृद्ध क्षेत्र हैं। यदि जैविक डेटा को ग्राफ में बदलने के लिए कुशल तरीके मौजूद हैं, तो ये तकनीकें बायोइन्फॉर्मेटिक्स में एक अच्छी संपत्ति हैं। इस पेपर में, हम प्रोटीन ग्राफ रिपोजिटरी (PGR) प्रस्तुत करते हैं, जो प्रोटीन 3D-संरचनाओं का एक नया डेटाबेस है, जो प्रोटीन खनन में ग्राफ सिद्धांत तकनीकों के बड़े संग्रह का उपयोग करने की अनुमति देता है। इस रिपोजिटरी में प्रोटीन डेटा बैंक (PDB) में वर्णित सभी वर्तमान में ज्ञात प्रोटीन 3D-संरचनाओं के ग्राफ निरूपण शामिल हैं। PGR प्रोटीन 3D संरचनाओं को ग्राफ में बदलने, जैविक और ग्राफ-आधारित विवरण, पूर्व-गणना किए गए प्रोटीन ग्राफ विशेषताओं और सांख्यिकी, प्रत्येक प्रोटीन ग्राफ का विज़ुअलाइज़ेशन, साथ ही ग्राफ-आधारित प्रोटीन समानता खोज उपकरण का एक कुशल ऑनलाइन कनवर्टर भी प्रदान करता है। ऐसा रिपोजिटरी मौजूदा ऑनलाइन डेटाबेस का संवर्धन प्रस्तुत करता है जो ग्राफ खनन और प्रोटीन संरचना विश्लेषण के बीच की खाई को पाटने में मदद करेगा। PGR डेटा और विशेषताएँ अद्वितीय हैं और किसी अन्य प्रोटीन डेटाबेस में शामिल नहीं हैं। यह संग्रह http://wjdi.bioinfo.uqam.ca/ पर उपलब्ध है।