जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

नोड-ओरिएंटेड वर्कफ़्लो (NOW): उच्च थ्रूपुट डेटा विश्लेषण पाइपलाइनों के लिए एक कमांड टेम्पलेट वर्कफ़्लो प्रबंधन उपकरण

 एरिक बी. लिप्स्की, ब्रायन आर. किंग, जेरार्ड ट्रॉम्प

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (एनजीएस) सिस्टम विशाल मात्रा में डेटा उत्पन्न करते हैं जिसके लिए पर्याप्त निगरानी की आवश्यकता होती है। सामान्य विश्लेषण कार्यों के लिए कम्प्यूटेशनल संसाधन। इसके अलावा, विभिन्न NGS सिस्टम द्वारा उत्पन्न डेटा समरूप नहीं होते हैं। इसके अलावा, सामान्य कार्यों को करने के लिए बहुत सारे उपकरण उपलब्ध हैं। NGS वर्कफ़्लो को प्रबंधित करने में कस्टम स्क्रिप्ट लिखना शामिल है जो जल्दी से जटिलता में बढ़ जाती है, जिसके परिणामस्वरूप अक्सर ऐसे बोझिल वर्कफ़्लो होते हैं जो सामान्य उच्च प्रदर्शन कंप्यूट संसाधनों का कम उपयोग करते हैं, और इन वर्कफ़्लो को प्रबंधित करने वाले कर्मचारियों की माँगों को बढ़ाते हैं। हम नोड-ओरिएंटेड वर्कफ़्लो (NOW) प्रस्तुत करते हैं, जो उच्च प्रदर्शन वितरित कंप्यूटिंग (HPC) सिस्टम के लिए एक गतिशील कमांड टेम्पलेट वर्कफ़्लो इंजन है। हमारा सिस्टम जटिल वर्कफ़्लो को डिज़ाइन और प्रबंधित करने के लिए उपयोग में आसान ब्राउज़र-आधारित फ़्रंट एंड प्रदान करता है। वर्कफ़्लो को एक सरल ब्राउज़र इंटरफ़ेस का उपयोग करके कॉन्फ़िगर किया जाता है, और एकीकृत जॉब इंजन द्वारा प्रबंधित किया जाता है, जो नोड्स को आरंभ करता है, नोड स्थिति की निगरानी करता है, और HPC कॉन्फ़िगरेशन में नोड्स में व्यक्तिगत जॉब के परिणामों को संसाधित करता है। हम अत्यधिक मैसेजिंग को कम करते हैं नोड्स पर कार्यप्रवाह में कार्य शुरू करने का भार डालकर नोड्स को नियंत्रित करना जब निर्भरताएँ पूरी हो जाती हैं, यानी नोड उन्मुख कार्यप्रवाह। हमारा सिस्टम नैदानिक ​​अनुसंधान सेटिंग में NGS प्रसंस्करण के लिए डिज़ाइन किया गया था, जो उपयोगकर्ता की सरलता, उपकरण मापनीयता, कार्यप्रवाह में अतिरेक को कम करने पर जोर देता है, जबकि HPC वातावरण में थ्रूपुट को अधिकतम करता है। इसके अलावा, NOW NGS पाइपलाइन प्रबंधन तक सीमित नहीं है, बल्कि किसी भी कम्प्यूटेशनल पाइपलाइन को प्रबंधित करने के लिए उपयोग किया जा सकता है।