जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी एंड पैरासिटोलॉजी

अमूर्त

माइक्रोबियल तुलनात्मक जीनोमिक्स: जीनस कोरिनेबैक्टीरियम में उपकरणों और अंतर्दृष्टि का अवलोकन

अमजद अली, सिओमर सी सोरेस, यूडेस बारबोसा, एंडरसन आर सैंटोस, देबमाल्या बरह, सैयदा एम. बख्तियार, सैयद एस. हसन, डेविड डब्ल्यू उस्सेरी, अर्तुर सिल्वा, एंडरसन मियोशी और वास्को अजेवेदो

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (NGS) ने सीमित समय में और न्यूनतम लागत के साथ रोगजनक और व्यावसायिक रूप से महत्वपूर्ण जीवों के पूरे जीनोम अनुक्रम प्रदान करना संभव बना दिया। कम्प्यूटेशनल तुलनात्मक जीनोमिक्स आवश्यक है, यह देखते हुए कि हम हर दिन हजारों जीवों का अनुक्रम करते हैं, लेकिन हमारा अनुवर्ती ज्ञान अभी भी बहुत सीमित है। फिर भी, एक जीनोम से जीनोमिक जानकारी किसी प्रजाति की जीवन शैली और जीन पूल के विस्तारित दृश्य में अंतर्दृष्टि प्रदान करने के लिए अपर्याप्त है। कई जीनोम जीवों की संबंधितता और विविधताओं के बारे में हमारी समझ को समृद्ध कर सकते हैं। नतीजतन, तुलनात्मक जीनोमिक विश्लेषण प्रजातियों में ऑर्थोलॉगस जीन, विशिष्ट जीन की उपस्थिति और अनुपस्थिति, विकासवादी संकेतों और
रोगजनकता से जुड़े उम्मीदवार क्षेत्रों की पहचान करने के लिए शक्तिशाली उपकरण बने हुए हैं। इसके अलावा, सबट्रैक्टिव जीनोमिक्स के साथ पैनजेनोमिक रणनीतियाँ, अंतर- और अंतर-प्रजाति संबंधों, संरक्षित कोर और पैन-जीनोम को उजागर करने में मदद करती हैं ताकि विषाणु कारकों, दवा लक्ष्यों और वैक्सीन उम्मीदवारों की विशेषता बताई जा सके। इस लेख में, हम माइक्रोबियल तुलनात्मक जीनोमिक्स पूर्व-आवश्यकताओं का अवलोकन प्रस्तुत करते हैं: अनुक्रमण तकनीक, संरेखण उपकरण, एनोटेशन पाइपलाइन, डेटाबेस और संसाधन, विज़ुअलाइज़ेशन और तुलनात्मक जीनोमिक उपकरण, और रणनीतियाँ। अंत में, हम तुलनात्मक जीनोमिक और कार्यात्मक विश्लेषण आधारित अंतर्दृष्टि और जीनस कोरिनेबैक्टीरियम में हाल के निष्कर्ष प्रस्तुत करते हैं।