जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

मास स्पेक्ट्रोमेट्री का उपयोग करके मानव अल्जाइमर रोग मस्तिष्क ऊतक में प्रोटीन और मार्गों का परस्पर संपर्क

मलाथी नारायण, लिसा किरौक, डेल चापुत, स्टेनली स्टीवंस, जया पद्मनाभन और उमेश के जिनवाल

अल्जाइमर रोग (AD) मनोभ्रंश का सबसे आम रूप है और संयुक्त राज्य अमेरिका में मृत्यु का छठा प्रमुख कारण है। AD में देखे जाने वाले प्रमुख रोग संबंधी लक्षणों में माइक्रोट्यूब्यूल से जुड़े प्रोटीन टाऊ के फॉस्फोराइलेटेड रूपों से युक्त इंट्रासेल्युलर न्यूरोफिब्रिलरी टेंगल्स का निर्माण और एमिलॉयड बीटा से बने एक्स्ट्रासेलुलर प्लेक का जमाव शामिल है। Cdc37 Hsp90 का सह-सहायक है, जो फोल्डिंग और स्थिरीकरण के लिए क्लाइंट किनेसेस को Hsp90 कॉम्प्लेक्स में भर्ती करता है। यह पहले दिखाया गया है कि Cdc37 न केवल टाऊ को बांध सकता है और संरक्षित कर सकता है, बल्कि उन किनेसेस को भी स्थिर कर सकता है जो टाऊ को फॉस्फोराइलेट कर सकते हैं। वर्तमान अध्ययन का लक्ष्य मानव AD ऊतक में नए Cdc37-इंटरैक्टिंग प्रोटीन की पहचान करना था, जो कि मास स्पेक्ट्रोमेट्री के साथ संयुक्त इम्यूनोप्रीसिपिटेशन-आधारित दृष्टिकोण का उपयोग करके सामान्य ऊतक की तुलना में है। हमने 39 अनूठे प्रोटीनों की पहचान की जो केवल AD नमूनों में Cdc37 के साथ परस्पर क्रिया करते हैं और 7 प्रोटीन जो केवल सामान्य नमूनों में Cdc37 के साथ परस्पर क्रिया करते हैं। 39 प्रोटीन AD और सामान्य ऊतक दोनों में Cdc37 को बांधते पाए गए। इनमें से 18 ने AD ऊतक में बढ़ी हुई अंतःक्रिया दिखाई, 10 ने सामान्य ऊतक में बढ़ी हुई अंतःक्रिया दिखाई और 11 ने दोनों नमूनों में समान अंतःक्रिया दिखाई। डेटा के इनजीन्यूटी पाथवे विश्लेषण से संकेत मिलता है कि ये Cdc37-अंतःक्रिया करने वाले प्रोटीन p70S6K, PI3K / Akt, TGFß, ErbB, NF- kB, कैल्मोडुलिन, p38 MAPK और JNK मार्गों के माध्यम से संकेत दे सकते हैं। Cdc37 से जुड़े इन उपन्यास प्रोटीन और मार्गों की पहचान गैर-काइनेज सह-संरक्षक के रूप में और AD मस्तिष्क में अन्य मार्गों के रूप में इसकी भूमिका का संकेत दे सकती है।