जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

कैजानस कैजन और अन्य फलीदार प्रजातियों में पीपीआर जीन परिवार के बारे में जानकारी

परमप्रीत कौर, मोहित वर्मा, पवन के चाडुवुला, स्वाति सक्सेना, निकिता बलियान, अलीम जुनैद, अजय के महतो, नागेंद्र कुमार सिंह और किशोर गायकवाड़*

पीपीआर प्रोटीन भूमि पौधों के कई सैकड़ों सदस्यों से मिलकर बने होते हैं और अंगक जीनोम में कार्यों की एक आकर्षक श्रृंखला को नियंत्रित करते हैं जो अंगक प्रतिलेखों के स्थिरीकरण, आरएनए संपादन से लेकर सीएमएस लाइनों की प्रजनन क्षमता की बहाली तक शामिल हैं। कई फलीदार प्रजातियों के जीनोम अनुक्रमों की उपलब्धता के बावजूद, पीपीआर जीन परिवार के सदस्यों की व्यापक सूचीकरण नहीं किया गया है। वर्तमान अध्ययन में, हमने क्रमशः काजानस, ग्लाइसिन, फेजोलस, मेडिकागो, विग्ना और सिसर जीनोम में 523, 830, 534, 816, 441 और 677 पीपीआर प्रोटीन की पहचान की और उन्हें विभिन्न उप-वर्गों में वर्गीकृत करने और उनके स्थानीयकरण की भविष्यवाणी करने के लिए उनका पूरा सिलिको वर्गीकरण किया गया। 271 काजानस पीपीआर जीनों के गुणसूत्र निर्देशांकों की भविष्यवाणी की गई प्रजनन क्षमता को बहाल करने वाले पीपीआर (आरएफएल) की पहचान करने के लिए प्रोटीन क्लस्टरिंग के आधार पर सभी 6 फलीदार प्रजातियों के पीपीआर जीन की आगे जांच की गई और उसके बाद पहले से ज्ञात आरएफ-पीपीआर जीन के लिए होमोलॉजी खोज की गई। सत्तर आरएफएल पीपीआर जीन (पी उप-वर्ग) की पहचान की गई और उनकी फायलोजेनेटिक विश्लेषण द्वारा जांच की गई, जिससे प्रजातियों में इन आरएफएल द्वारा साझा की गई विस्तारित समानता और सामान्य विशेषताएं सामने आईं। इनमें से कुछ आरएफएल पीपीआर ग्लाइसीन, फेजोलस, विग्ना और सिसर जीनोम में छोटे समूहों के रूप में मौजूद थे। इस अध्ययन ने फलीदार पौधों में पीपीआर जीन परिवार के बारे में ज्ञान का आधार तैयार किया है और उनके आणविक कार्यों, विकासवादी संबंधों और आरएफ जीन की क्लोनिंग को सक्षम करने के लिए मार्करों की पहचान करने की उनकी क्षमता के बारे में भविष्य की जांच के लिए कई रास्ते खोले हैं।