जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

डेंगू वायरस सहित फ्लेविवायरस जीनोम में दोहराए गए अनुक्रमों का आईमेक्स आधारित विश्लेषण

चौधरी मशहूद आलम, आसिफ इकबाल, बबीता थदारी और सफदर अली

सरल अनुक्रम पुनरावृत्ति (SSR), जिसे माइक्रोसेटेलाइट भी कहा जाता है, 1-6 न्यूक्लियोटाइड पुनरावृत्ति रूपांकन हैं, जो प्रोकैरियोट्स, यूकेरियोट्स और वायरस के कोडिंग और गैर-कोडिंग क्षेत्रों में पुनरावृत्तियों की अलग-अलग संख्या में मौजूद होते हैं। वर्तमान अध्ययन 27 फ्लेविवायरस जीनोम में सरल अनुक्रम पुनरावृत्ति (SSR) पर केंद्रित है, जिसमें डेंगू वायरस भी शामिल है। SSR के प्रकाश में तुलनात्मक वायरल जीनोमिक्स हमें नए मेज़बानों की विविधता और अनुकूलनशीलता को समझने में मदद करेगा। अध्ययन किए गए 27 जीनोम से कुल 1164 SSR और 53 cSSR का पता चला। मोनोन्यूक्लियोटाइड A सबसे प्रचलित पुनरावृत्ति रूपांकन था जिसका औसत वितरण लगभग 6 था। इसके बाद G (औसत वितरण 2) था। फ्लेविवायरस जीनोम में जीनोम विकास के लिए जिम्मेदार दो आवश्यक विशेषताओं का अभाव था, डाइन्यूक्लियोटाइड रिपीट मोटिफ AT/TA (~0.5 के औसत वितरण के साथ सबसे कम प्रतिनिधित्व) और गैर-कोडिंग क्षेत्रों में cSSR, जो अब तक अस्पष्टीकृत तंत्रों द्वारा एक स्थिर जीनोम या विकास का सुझाव देता है। डेंगू वायरस के आइसोलेट्स में संरक्षित अनुक्रमों का अनावरण वायरल निदान के लिए बायोमार्कर विकास के लिए एक आधार का सुझाव देता है।