जैव रसायन एवं विश्लेषणात्मक जैव रसायन

अमूर्त

Human.miRFFL.DB: मानव miRNA सह-नियामक नेटवर्क और संबद्ध विनियामक-सर्किट के लिए एक चयनित संसाधन

पंकज खुराना*, राजीव वार्ष्णेय, आर सुगादेव

जीन विनियमन को एक जटिल प्रक्रिया के रूप में देखा जाता है, जहाँ विनियामक तत्व और उनके लक्ष्य अत्यधिक जटिल नेटवर्क इंटरैक्शन बनाते हैं, जिससे सामान्य जैविक शरीर क्रिया विज्ञान और रोग-आरंभ और प्रगति भी प्रभावित होती है। प्रतिलेखन कारक (TF) और माइक्रोआरएनए (miRNA) महत्वपूर्ण जैविक प्रक्रियाओं को नियंत्रित करने वाले जीन अभिव्यक्ति के मौलिक प्रतिलेखन और पोस्ट-प्रतिलेखन विनियामक हैं। हाल के वर्षों में, कई उच्च थ्रूपुट अध्ययनों से पता चला है कि जटिल विनियामक इंटरैक्शन miRNA और TF के बीच जटिल परस्पर क्रिया द्वारा मध्यस्थ होते हैं जो एक साथ मिलकर एक लक्ष्य जीन (TG) को विनियमित करते हैं। miRNA और TF एक दूसरे को विनियमित करने के लिए भी जाने जाते हैं। इस जटिल सह-विनियामक तंत्र को miRNA:TF:TG सह-विनियामक नेटवर्क के रूप में दर्शाया जा सकता है। इस नेटवर्क का उपयोग विनियामक-सर्किट के रूप में ज्ञात कई छोटे आवर्ती उप-ग्राफों की पहचान करने के लिए किया जा सकता है। इन विनियामक-सर्किटों में से एक जिसे फीड-फॉरवर्ड लूप्स (FFLs) भी कहा जाता है, एक तीन-नोड पैटर्न है जो एक miRNA और एक TF से बना होता है, जिसमें से एक दूसरे को नियंत्रित करता है और दोनों मिलकर एक TG को नियंत्रित करते हैं। ये विनियामक-सर्किट कई शारीरिक और रोगात्मक स्थितियों के दौरान जीन विनियमन की जटिल परस्पर क्रिया को स्पष्ट करने में उपयोगी साबित हुए हैं।

Human.miRFFL.DB मानव miRNA:TF:TG सह-नियामक निर्देशित नेटवर्क और उनके संबंधित विनियामक-सर्किट के लिए एक व्यापक एकीकृत संसाधन है। ग्राफ सिद्धांत सिद्धांत पर आधारित इन-हाउस स्क्रिप्ट का उपयोग दोनों प्रकार के FFL रूपांकनों यानी miRNA-FFL और TF-FFL की पहचान करने के लिए किया गया है। डेटाबेस इसके अतिरिक्त सह-नियामक नेटवर्क और संबंधित FFL का एक इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन प्रदान करता है। Human.miRFFL.DB का उपयोग मानव miRNA:TF:TG सह-नियामक नेटवर्क और इन विनियामक जैव-अणुओं की जटिल सेलुलर अंतःक्रियाओं को डिक्रिप्ट करने के लिए संबंधित FFL के लिए एक व्यापक तैयार संदर्भ के रूप में किया जा सकता है। Human.miRFFL.DB ऑनलाइन http://mirffldb.in/human/ पर उपलब्ध है।