जैव रसायन एवं विश्लेषणात्मक जैव रसायन

अमूर्त

बैक्टीरिया सैलिनीबैक्टर रूबर, क्रोमोहालोबैक्टर सेलेक्सिगेंस और राइजोबियम एटली में कोडन उपयोग पूर्वाग्रह और कोडन संदर्भ पैटर्न का जीनोम-व्यापी सापेक्ष विश्लेषण

मोहम्मद समीर फारूकी, डीसी मिश्रा, नियति राय, डीपी सिंह, अनिल राय, केके चतुर्वेदी, रत्ना प्रभा और मंजीत कौर

कोडन एक जीव में प्रोटीन के संश्लेषण के दौरान जैविक संदेश संचरण के लिए बुनियादी इकाई है। कोडन उपयोग पूर्वाग्रह एक जीव में समानार्थी कोडन के बीच अधिमान्य उपयोग है। समानार्थी कोडन का यह अधिमान्य उपयोग न केवल प्रजातियों के बीच पाया गया, बल्कि एक प्रजाति के एक ही जीनोम के जीन के बीच भी होता है। कोडन उपयोग पैटर्न की यह भिन्नता उत्परिवर्तन, बहाव और दबाव जैसी प्राकृतिक प्रक्रियाओं द्वारा नियंत्रित होती है। इस अध्ययन में, हमने सेलिनबैक्टर रूबर (अत्यधिक हेलोफिलिक), क्रोमोहेलोबैक्टर सेलेक्सिगेंस (मध्यम हेलोफिलिक) और राइजोबियम एटली (नॉनहेलोफिलिक) के कोडन उपयोग पूर्वाग्रह और कोडन संदर्भ पैटर्न का पता लगाने के लिए कम्प्यूटेशनल और सांख्यिकीय तकनीकों का उपयोग किया है। हालांकि, उत्परिवर्तन पूर्वाग्रह हेलोफिलिक बैक्टीरिया (सैलिनीबैक्टर रूबर और क्रोमोहेलोबैक्टर सेलेक्सिगेंस) में समानार्थी कोडन उपयोग पैटर्न की प्रेरक शक्ति है और अनुवाद चयन गैर-हेलोफिलिक बैक्टीरिया (राइजोबियम एटली) में कोडन उपयोग पैटर्न को प्रभावित करता प्रतीत होता है। सापेक्ष समानार्थी कोडन उपयोग के पत्राचार विश्लेषण ने अध्ययन के तहत बैक्टीरिया में संख्या में भिन्न जीन के विभिन्न समूहों का खुलासा किया। इसके अलावा, इन बैक्टीरिया में कोडन संदर्भ पैटर्न भी परिवर्तनशील देखा गया। ये परिणाम स्पष्ट रूप से इन बैक्टीरिया जीनोम में कोडन उपयोग पैटर्न में भिन्नता को इंगित करते हैं।