जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

RAW264 कोशिकाओं में तीव्र सूजन और सूजन-रोधी प्रतिक्रियाओं के जीनोम-व्यापी विश्लेषण से पता चलता है कि ट्रांसलेशनल विनियमन से जुड़े सीआईएस-तत्व हैं

हिरोकी साको और कात्सुहिको सुजुकी

भड़काऊ प्रतिक्रियाओं की मध्यस्थता में अनुवाद संबंधी विनियमन महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। इस अध्ययन में डेक्सामेथासोन (DEX) द्वारा दर्शाए गए ग्लूकोकोर्टिकोइड्स व्यापक रूप से पहचाने जाने वाले सूजनरोधी एजेंट हैं जो भड़काऊ जीन सहित विविध जीन समूहों के अनुवाद पर महत्वपूर्ण निरोधात्मक प्रभाव डालते हैं। हालाँकि, उनका विनियमन अत्यधिक जटिल और विविधतापूर्ण है, जिसमें ट्रांसक्रिप्शनल और ट्रांसलेशनल विनियमन शामिल है। हालाँकि जीनोम-वाइड ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण द्वारा ट्रांसक्रिप्शनल विनियमन की जाँच की गई है, लेकिन ट्रांसलेशनल विनियमन का अध्ययन केवल कुछ विशिष्ट जीन लक्ष्यों (जैसे, ट्यूमर नेक्रोसिस फैक्टर) द्वारा किया गया है और अनुवाद स्तरों पर ग्लूकोकोर्टिकोइड्स के वैश्विक प्रभाव का शायद ही अध्ययन किया गया है, मुख्य रूप से इसकी तकनीकी कठिनाई के कारण। यहाँ, राइबोसोम प्रोफाइलिंग का उपयोग उच्च-थ्रूपुट mRNA अनुक्रमण (mRNA-Seq) के साथ किया जाता है जिसमें अनुवादित राइबोसोम के पदचिह्नों को कैप्चर किया जा सकता है, हमने लिपोपॉलीसेकेराइड (LPS) या LPS के साथ DEX (LPS + DEX) द्वारा उत्तेजित RAW264 कोशिकाओं की तीव्र सूजन या सूजन-रोधी प्रतिक्रियाओं का जीनोम-व्यापी ट्रांसक्रिप्शनल और ट्रांसलेशनल विश्लेषण किया। हमने दिखाया कि अकेले LPS और LPS + DEX के बीच विभेदक विनियमन का अधिकांश हिस्सा ट्रांसक्रिप्शन स्तरों के बजाय अनुवाद स्तरों द्वारा प्रबल था। अप- और डाउन-रेगुलेटेड जीन क्लस्टर्स पर आगे के विश्लेषण से पता चला कि LPS + DEX द्वारा प्रेरित अप- या डाउन-रेगुलेटेड जीन के 3'-UTR में विशेष रूप से समृद्ध पुटीय सीआईएस विनियामक तत्व हैं। परिणाम RAW264 कोशिकाओं की तीव्र सूजन प्रतिक्रिया में ग्लूकोकॉर्टिकॉइड-प्रेरित ट्रांसलेशनल विनियमन के वर्तमान में मान्यता प्राप्त तंत्र के लिए एक विकल्प का संकेत देते हैं।