जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

लंबे पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों का पता लगाने और लक्षण वर्णन के लिए चावल ( ओरिज़ा सातिवा उपप्रजाति इंडिका ) का जीनोम खनन

एल्मीरा कटानची खियावी, असदुल्ला अहमदीखाह और अली मोहम्मदियन मोसम्मम

क्योंकि चावल के जीनोम को पूरी तरह से अनुक्रमित किया जा चुका है, इसलिए जीनोम-व्यापी पैमाने पर विशिष्ट विशेषताओं को खोजने की खोज जीनोम विकास और उसके बाद के अनुप्रयोगों के अध्ययन के लिए अत्यधिक महत्वपूर्ण है। पैलिंड्रोमिक अनुक्रम विभिन्न कोशिकीय प्रक्रियाओं के विनियमन में शामिल महत्वपूर्ण डीएनए रूपांकन हैं और आनुवंशिक अस्थिरता का एक संभावित स्रोत हैं। चावल के जीनोम में लंबे पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों का पता लगाने और उनकी विशेषता बताने के लिए जीनोम माइनिंग दृष्टिकोण लागू किया गया था। सभी पैलिंड्रोम, जिन्हें स्पेसर डीएनए के साथ समान उल्टे दोहराव के रूप में परिभाषित किया गया है, का विश्लेषण किया जा सकता है और उनकी आवृत्ति, आकार, जीसी सामग्री, कॉम्पैक्ट इंडेक्स आदि के अनुसार उन्हें छांटा जा सकता है। परिणामों से पता चला कि चावल के जीनोम में कुल पैलिंड्रोम आवृत्ति अधिक है (लगभग 51000 पैलिंड्रोम), जो चावल के परमाणु जीनोम के 41.4% को पूरी तरह से कवर करते हैं, पैलिंड्रोम की सबसे अधिक और सबसे कम संख्या क्रमशः गुणसूत्र 1 और 12 से संबंधित है। पैलिंड्रोम संख्या चावल के गुणसूत्र विस्तार (R2>92%) को अच्छी तरह से समझा सकती है। पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों की औसत GC सामग्री 42.1% है, जो AT-समृद्धि और इसलिए, पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों की कम जटिलता को दर्शाती है। परिणामों ने विभिन्न गुणसूत्रों में पैलिंड्रोम के विभिन्न कॉम्पैक्ट इंडेक्स भी दिखाए (गुणसूत्र 8 में 43.2 प्रति cM और गुणसूत्र 3 में 34.5 प्रति cM, क्रमशः उच्चतम और निम्नतम)। सह-स्थान विश्लेषण से पता चला है कि 20% से अधिक चावल के जीन पैलिंड्रोमिक क्षेत्रों के साथ ओवरलैप होते हैं, जो मुख्य रूप से गुणसूत्र भुजाओं पर केंद्रित होते हैं। इस शोध के परिणामों के आधार पर यह निष्कर्ष निकाला जा सकता है कि चावल का जीनोम लंबे पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों से समृद्ध है, जिसने विकास के दौरान सबसे अधिक भिन्नता को ट्रिगर किया। आम तौर पर, तने और लूप सहित पैलिंड्रोमिक अनुक्रमों के दोनों खंड AT-समृद्ध होते हैं, जो दर्शाता है कि ये क्षेत्र चावल के गुणसूत्रों के कम जटिलता वाले खंडों में स्थित होते हैं।