जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

एंटरोकोकस फेसियम CRL1879 में बैक्टीरियोसिन जीन का जीनोम माइनिंग और ट्रांसक्रिप्शनल विश्लेषण

सुआरेज़ एन, बोनासीना जे, हेबर्ट ईएम और सावेद्रा एल*

नौ कारीगर चीज़ों से 151 जीवाणु अलगावों में से, एंटरोकोकस फ़ेशियम CRL 1879 ने खाद्य जनित रोगजनक लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स के विरुद्ध जीवाणुरोधी गतिविधि दिखाई। अलगाव ने कोशिका मुक्त सतह पर तैरने वाले पदार्थ में प्रोटीनेज़ K-संवेदनशील यौगिक का उत्पादन किया। जीनोम विश्लेषण ने एंटरोसिन A, एंटरोसिन B, एंटरोसिन P, एंटरोसिन SE-K4-जैसे और एंटरोसिन X जैवसंश्लेषण जीन समूहों की उपस्थिति का प्रदर्शन किया। एक संभावित दो-घटक बैक्टीरियोसिन के लिए एन्कोडिंग करने वाले न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों का पता बायोइन्फ़ॉर्मेटिक्स टूल का उपयोग करके लगाया गया, जिसे यहाँ एंटरोसिन CRL1879αβ नाम दिया गया है। मात्रात्मक वास्तविक समय पीसीआर विश्लेषण (qRT-PCR) द्वारा सभी बैक्टीरियोसिन जीनों के एक ट्रांसक्रिप्शनल विश्लेषण ने विभिन्न स्तरों पर प्रत्येक एंटरोसिन जीन के प्रतिलेखन का खुलासा किया। अंत में, 251 ई. फ़ेशियम बायोप्रोजेक्ट्स में बैक्टीरियोसिन जीन वितरण का विश्लेषण किया गया और ई. फ़ेशियम CRL1879 में पहचाने गए जीनों से तुलना की गई। विभेदकारी विश्लेषण से पता चला कि बैक्टीरियोसिन जीन एंटरोकॉकस में व्यापक रूप से वितरित हैं, चाहे वह प्रजाति कहीं भी हो।

इस शोधपत्र में प्रस्तुत परिणाम एक अद्वितीय खोज का प्रतिनिधित्व करते हैं, क्योंकि यह एक कारीगर पनीर से पृथक किए गए ई. फेसियम स्ट्रेन का पहला प्रदर्शन है, जिसमें छह वर्ग II और एक वर्ग III बैक्टीरियोसिन का उत्पादन करने के लिए पूर्ण आनुवंशिक मशीनरी है।