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अमूर्त

जीन2पाथ: ऑर्थोलॉगस जीन की स्वचालित खोज द्वारा मछली जीन पथों का अध्ययन करने के लिए एक डेटा विश्लेषण उपकरण

नतालिया बैलेस्टरोस, नेस्टर एगुइरे, जूलियो कोल, सारा आई पेरेज़- प्रीतो और सिल्विया रोड्रिग्ज सेंट- जीन

जैव रासायनिक और आणविक प्रयोगों से जीन विनियमन पथों के अधिकांश डेटा मनुष्यों या प्रायोगिक पशु मॉडल के रूप में आमतौर पर इस्तेमाल की जाने वाली प्रजातियों से लिए गए हैं। तदनुसार, विशिष्ट जीन पहचान कोड (आईडी) या अभिगम संख्या (एएन) के आधार पर इन डेटा का विश्लेषण करने के लिए सॉफ़्टवेयर पैकेज अन्य जीवों पर लागू करना आसान नहीं है जो जीनोमिक स्तर पर कम विशेषता वाले हैं। यहाँ, हमने Gene2Path प्रोग्राम विकसित किया है जो स्वतंत्र, प्रजाति-विशिष्ट तरीके से माइक्रोएरे डेटा का विश्लेषण करने के लिए स्वचालित रूप से पथ डेटाबेस खोजता है। हमने अन्य प्रसिद्ध जैविक प्रजातियों, जैसे ज़ेब्राफ़िश के लिए परिभाषित ऑर्थोलॉगस मार्गों की खोज करने के लिए एक प्रतिरक्षा लक्षित इंद्रधनुष ट्राउट माइक्रोएरे से प्राप्त डेटा के साथ विधि को चित्रित किया है, हालाँकि सॉफ़्टवेयर को किसी अन्य मामले या रुचि की प्रजातियों पर लागू किया जा सकता है। स्क्रिप्ट और प्रोग्राम “GENE2PATH” वेब साइट http://gene2path.no-ip.org/cgi-bin/gene2path/index.cgi पर उपलब्ध और निःशुल्क हैं। पैकेज के साथ एक उपयोगकर्ता गाइड और उदाहरण दिए गए हैं। जीन2पाथ सॉफ्टवेयर एनसीबीआई डाटाबेस की स्वचालित खोज और ग्राफिक नेटवर्क वातावरण के आधार पर प्राप्त आंकड़ों के सीधे दृश्यीकरण की अनुमति देता है।