नास्तास्जा वासिलेव, डोरिस हिलेमैन, फ़्लोरियन पी. मौरर, थॉमस ए. कोहल, मैथियास मर्कर, फोल्के ब्रिंकमैन, मार्क लिपमैन और कैथरीना क्रैंजर
परिचय: नैदानिक माइकोबैक्टीरियम एब्सेसस आइसोलेट्स में उप-प्रजातियों की पहचान और मैक्रोलाइड्स और एमिनोग्लाइकोसाइड्स के प्रतिरोध का पता लगाने के लिए एक नई लाइन जांच परख, जीनोटाइप® एनटीएम डीआर विकसित की गई है। हमने डीएनए अनुक्रमण और फेनोटाइपिक ड्रग संवेदनशीलता परीक्षण (पीडीएसटी) की तुलना में परीक्षण के प्रदर्शन का अध्ययन किया।
विधियाँ: 2015 और 2016 के बीच एकत्र किए गए 48 क्लिनिकल एम. एब्सेसस आइसोलेट्स को उप-प्रजाति स्तर पर पहचाना गया और सेंगर अनुक्रमण द्वारा ईआरएम (41) जीनोटाइप, आरआरएल और आरआरएस जीन उत्परिवर्तन के लिए विश्लेषण किया गया। क्लेरिथ्रोमाइसिन और एमिकासिन के पीडीएसटी के लिए ब्रॉथ माइक्रो कमजोरीकरण किया गया। परिणामों की तुलना जीनोटाइप® एनटीएम डीआर परख से की गई। असंगत परिणामों का आगे दोहराए गए पीडीएसटी और पूरे जीनोम अनुक्रमण (डब्ल्यूजीएस) द्वारा विश्लेषण किया गया।
परिणाम: 35 आइसोलेट्स की पहचान एम. एब्सेसस सबस्प. एब्सेसस, 6 की पहचान एम. एब्सेसस सबस्प. बोलेटी, और 7 की पहचान एम. एब्सेसस सबस्प. मैसिलिएन्स के रूप में आरपीओबी अनुक्रमों के आधार पर की गई। सेंगर अनुक्रमण के साथ जीनोटाइप® एनटीएम डीआर परिणामों की संगति क्रमशः उप-प्रजातियों की पहचान के लिए 92% और ईआरएम (41), आरआरएल और आरआरएस जीनोटाइप के लिए 100% थी। जब दोहराए गए पीडीएसटी परिणामों को ध्यान में रखा गया तो जीनोटाइप® एनटीएम डीआर और पीडीएसटी परिणाम क्लेरिथ्रोमाइसिन प्रतिरोध के लिए 98% और एमिकासिन प्रतिरोध के लिए 96% में मेल खाते थे।
निष्कर्ष: नया जीनोटाइप® एनटीएम डीआर परख एम. एब्सेसस आइसोलेट्स की उप-प्रजातियों की पहचान और एमिकासिन और क्लेरिथ्रोमाइसिन के प्रति प्रतिरोध प्रदान करने वाले परिभाषित उत्परिवर्तनों का पता लगाने के लिए एक मूल्यवान परीक्षण है। लाइन जांच परख और पीडीएसटी के बीच विसंगतियां मुख्य रूप से फेनोटाइपिक परीक्षण परिणामों में भिन्नता से संबंधित हैं।