जर्नल ऑफ माइक्रोबियल एंड बायोकेमिकल टेक्नोलॉजी

अमूर्त

लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स के लिए वाणिज्यिक अनुक्रम-आधारित स्ट्रेन टाइपिंग सेवा का विकास और मूल्यांकन

टॉम एडलिंड और यानहोंग लियू

लिस्टेरिया मोनोसाइटोजेन्स एक महत्वपूर्ण खाद्य जनित रोगज़नक़ है और, संबंधित रूप से, कई खाद्य प्रसंस्करण सुविधाओं में एक लगातार संदूषक है। स्ट्रेन टाइपिंग प्रकोपों ​​का पता लगाने और जांच करने के लिए महत्वपूर्ण है, और इसका उपयोग संदूषण के स्रोतों को ट्रैक करने के लिए किया जा सकता है। वर्तमान में उपयोग में आने वाली टाइपिंग प्रणालियों में कम रिज़ॉल्यूशन और डेटा पोर्टेबिलिटी से लेकर उच्च लागत और तकनीकी जटिलता तक की सीमाएँ हैं। इस अध्ययन का उद्देश्य एल. मोनोसाइटोजेन्स स्ट्रेन टाइपिंग के लिए एक आउटसोर्सिंग विकल्प विकसित करना था जो इन सीमाओं को संबोधित करता है। 109 स्ट्रेन का प्रतिनिधित्व करने वाले NCBI जीनोम डेटाबेस को अत्यधिक जानकारीपूर्ण, टेंडम रिपीट-युक्त लोकी के लिए जांचा गया था। सबसे आशाजनक, जिन्हें LmMT1 (0.8-1 kbp) और LmMT2 (0.7-0.8 kbp) कहा जाता है, ने बहुरूपता (सम्मिलन/विलोपन और एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता) के जटिल पैटर्न प्रदर्शित किए, विविधता सूचकांक 0.99 (LmMT1) और 0.98 (LmMT2) थे, और सभी L. मोनोसाइटोजेन्स में मौजूद थे और NCBI डेटाबेस में दर्शाए गए एक (LmMT1) से चार (LmMT2) अतिरिक्त लिस्टेरिया प्रजातियों में मौजूद थे। स्ट्रेन के एक अलग सेट का उपयोग करते हुए, मिया एट अल. (जे. माइक्रोबायोल. मेथड्स, 2012, 90:285-291) ने पहले इन दो लोकी के अधिक सीमित क्षेत्रों (0.3-0.5 kbp) के लिए 0.95 और 0.91 के विविधता सूचकांक की रिपोर्ट की थी। LmMT1 और LmMT2 अनुक्रमों के फीलोजेनेटिक विश्लेषण ने सीरोटाइप (4b, 1/2a, और 4a कॉम्प्लेक्स) और विकासवादी वंश (I, II, और III/IV) के अनुरूप अलग-अलग समूहों का खुलासा किया। वर्तमान स्वर्ण मानक, PFGE से तुलना, सुझाव देती है कि LmMT1 टाइपिंग तुलनात्मक रूप से भेदभावपूर्ण है। महत्वपूर्ण रूप से, चार प्रकोपों ​​से उपभेदों ने संबंधित समूहों का गठन किया, हालांकि 2002 के प्रकोप से संबंधित पर्यावरणीय और खाद्य/मानव अलगाव में हल हो गए थे जो उनके महामारी विज्ञान संबंध को चुनौती देते हैं। प्रयोगशाला में, LmMT1 और LmMT2 टाइपिंग मजबूत साबित हुई, गैर-खतरनाक गर्मी-निष्क्रिय निलंबन के रूप में प्रस्तुत कॉलोनियों से उच्च गुणवत्ता वाले अनुक्रम उत्पन्न हुए। 62 विविध उपभेदों से LmMT1 अनुक्रमों के विश्लेषण ने एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता-आधारित टाइपिंग के साथ समग्र समझौते को प्रदर्शित किया।