जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

एम्बोरेला ट्राइकोपोडा में संरक्षित miRNAs और उनके लक्ष्यों की कम्प्यूटेशनल पहचान, लक्षण वर्णन और विश्लेषण

हाजीघरारी बी, फ़ारोखी एन, गोलियाई बी और कावौसी के

माइक्रोआरएनए (miRNAs) लगभग 22 न्यूक्लियोटाइड के एकल स्ट्रैंडेड गैर-कोडिंग अंतर्जात छोटे आरएनए हैं, जो पोस्ट ट्रांसक्रिप्शनल स्तर पर जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने में सीधे शामिल होते हैं। miRNAs विकास और जैविक और अजैविक तनावों की प्रतिक्रिया में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। होमोलॉजी खोजों से पौधों की प्रजातियों में उनके सापेक्ष उच्च संरक्षण के कारण नए miRNAs की पहचान की अनुमति मिलती है। यहाँ, एंबोरेला ट्राइकोपोडा के लिए miRNAs की पहचान की गई। ए. ट्राइकोपोडा में एक्सप्रेस्ड सीक्वेंस टैग (EST) और जीनोमिक सर्वे सीक्वेंस (GSS) के खिलाफ miRBase से ज्ञात और अद्वितीय प्लांट miRNAs को BLAST-खोज किया गया। उचित फोल्ड बैक संरचना वाले सभी उम्मीदवार अनुक्रमों को miRNA फ़िल्टरिंग मानदंडों की एक श्रृंखला द्वारा स्क्रीन किया गया था। अंत में, हमने EST से 5 miRNA जीन परिवारों से संबंधित 5 संभावित संरक्षित miRNAs के संरक्षण की पहचान की और उनका विश्लेषण किया, साथ ही GSS से 39 miRNA परिवारों पर निर्भर 82 नए पहचाने गए miRNAs की भी पहचान की। पहचाने गए miRNAs के संभावित लक्ष्य जीन की पहचान उनके संबंधित miRNAs के अनुक्रम पूरकता के आधार पर की गई, जिसमें A. ट्राइकोपोडा जीनोम अनुक्रमों के स्कैफोल्ड असाइनमेंट के विरुद्ध psRNATarget का उपयोग किया गया। कुल मिलाकर, A. ट्राइकोपोडा जीनोम में 1219 लक्ष्य स्थलों की पहचान की गई। जिनमें से, 941 (77.19%) को miRNA दरार का विषय होने का अनुमान लगाया गया और 278 (22.81%) स्कैफोल्ड को mRNA के अनुवाद दमन के माध्यम से विनियमित किया गया। पूर्वानुमानित miRNAs में से, 18 में A. ट्राइकोपोडा में कोई लक्ष्य अनुक्रम नहीं था।