जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

'एस्कारियासिस' से एंटीजेनिक पेप्टाइड्स को बांधने वाले प्रमुख हिस्टोकोम्पैटिबिलिटी कॉम्प्लेक्स की पहचान करने के लिए कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण

मिश्रा एस और गोमासे वी.एस.

एस्केरिस लुम्ब्रिकोइड्स मनुष्य में 'एस्कारियासिस' का कारण बनता है और इसका उन्मूलन प्रमुख सार्वजनिक चिंता का विषय है। इस वर्तमान जांच में, हमने PSSM (स्थिति विशिष्ट स्कोरिंग मैट्रिक्स) और SVM (सपोर्ट वेक्टर मशीन) एल्गोरिदम जैसे कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण के साथ MHC (मेजर हिस्टोकंपैटिबिलिटी कॉम्प्लेक्स) वर्ग I और II बाइंडिंग पेप्टाइड्स की भविष्यवाणी की। हम अनुमान लगाते हैं कि एस्केरिस लुम्ब्रिकोइड अनुक्रम से MHC-I अणुओं के लिए साइटोक्रोम बी (माइटोकॉन्ड्रियन) प्रोटीन के पेप्टाइड बाइंडर्स 11mer_H2_Db, 10mer_H2_Db, 9mer_H2_Db, 8mer_H2_Db हैं। अध्ययन में एमिनो एसिड के अनुक्रम और गुणों का उपयोग करके पेप्टाइड MHC वर्ग I बाइंडिंग; प्रोटीसोमल सी टर्मिनल क्लीवेज और TAP परिवहन दक्षता की भविष्यवाणी को भी एकीकृत किया गया है। हमने स्थिति विशिष्ट स्कोरिंग मैट्रिक्स का उपयोग करके विभिन्न एलील के लिए पेप्टाइड्स के बंधन का भी पता लगाया। एस्केरिस लुम्ब्रिकोइड्स (365 अवशेष लंबे) से साइटोक्रोम बी जिसमें 357 नॉनमर्स हैं जिनमें एंटीजेनिक एमएचसी बाइंडिंग पेप्टाइड्स हैं। PSSM आधारित सर्वर अनुक्रम से MHCII अणुओं के लिए पेप्टाइड बाइंडर्स की भविष्यवाणी करेगा जो I_Ab.p, I_Ad.p, I_Ag7 के रूप में हैं, जो एस्केरिस लुम्ब्रिकोइड्स से साइटोक्रोम बी में एंटीजेनिक एपिटोप्स क्षेत्र में पाए जाते हैं। यह जांच तर्कसंगत वैक्सीन डिजाइन में उपयोगी हो सकती है और साथ ही एंटीजेनिक के खिलाफ प्रतिरक्षा प्रणाली की भूमिका को समझने में वृद्धि कर सकती है।