जर्नल ऑफ माइक्रोबियल एंड बायोकेमिकल टेक्नोलॉजी

अमूर्त

खुदरा सीप के ऊतकों से जीवाणु डीएनए के पृथक्करण के लिए विभिन्न तरीकों की तुलना

कियान झांग, मिन दाई, यानहोंग लियू, मिन झोउ, जियानमिंग शी और डापेंग वांग

सीप फिल्टर फीडर हैं जो भोजन करते समय पानी में बैक्टीरिया को जैवसंचित करते हैं। खुदरा सीप के ऊतकों से निकाले गए जीवाणु जीनोमिक डीएनए का मूल्यांकन करने के लिए, जिसमें गिल्स और पाचन ग्रंथियाँ शामिल हैं, चार अलगाव विधियों का उपयोग किया गया। जीनोमिक डीएनए निष्कर्षण ऑलमैग™ ब्लड जीनोमिक डीएनए (ऑलरन, शंघाई, चीन), मिनीबेस्ट बैक्टीरियल जीनोमिक डीएनए निष्कर्षण किट (ताकारा, डालियान, चीन) और फिनोल-क्लोरोफॉर्म और उबलते लिसिस विधियों का उपयोग करके किया गया था। जीनोमिक डीएनए की सांद्रता को स्पेक्ट्रोफोटोमीटर का उपयोग करके मापा गया था। जीनोमिक डीएनए की शुद्धता का मूल्यांकन 16S rDNA के पीसीआर प्रवर्धन द्वारा किया गया था, इसके बाद pMD19-T वेक्टर में एम्प्लिकॉन की क्लोनिंग दक्षता का निर्धारण किया गया था। इसके अलावा, बैक्टीरिया के डीएनए की गुणवत्ता का मूल्यांकन विब्रियो पैराहेमोलिटिकस के लिए प्रजाति-विशिष्ट प्राइमरों की एक जोड़ी का उपयोग करके पीसीआर परख द्वारा भी किया गया था। हमारे परिणामों से पता चला कि दो वाणिज्यिक किट ने डीएनए की उच्चतम शुद्धता का उत्पादन किया, लेकिन सबसे कम पैदावार के साथ। फिनोल-क्लोरोफॉर्म विधि ने सबसे अधिक उपज दी, हालांकि यह समय लेने वाली थी। उबलते हुए लिसिस विधि सरल और लागत प्रभावी थी; हालांकि, यह केवल संवर्धन चरण के बाद खुदरा नमूनों में मौजूद बैक्टीरिया से जीनोमिक डीएनए को अलग करने के लिए उपयुक्त थी। दो वाणिज्यिक किट संवर्धन के बिना खुदरा सीप के ऊतकों से जीनोमिक डीएनए निष्कर्षण के लिए अच्छे उम्मीदवार थे।