जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

माइटोकॉन्ड्रियल और साइटोप्लाज़मिक पायरोफॉस्फेटेस (पीपीए) जीन और प्रोटीन का तुलनात्मक और विकासवादी अध्ययन

रोजर एस होम्स, किम्बर्ली डी स्प्रैडलिंग-रीव्स और लॉरा ए कॉक्स

अकार्बनिक पाइरोफॉस्फेटेस (PPA; PPase) (EC: 3.6.1.1) डिफॉस्फेटेस एंजाइम परिवार का एक सदस्य है जो कशेरुकी ऊतकों के कोशिका द्रव्य (PPA1) और माइटोकॉन्ड्रिया (PPA2) के भीतर डिफॉस्फेट हाइड्रोलेस के रूप में कार्य करता है। कई जीनोम परियोजनाओं से बायोइनफॉरमैटिक डेटा का उपयोग करके PPA1 और PPA2 अमीनो एसिड अनुक्रम और संरचनाओं और PPA-जैसे जीन स्थानों की जांच की गई। अनुक्रम संरेखण और प्रमुख संरक्षित अमीनो एसिड अवशेषों का भी अध्ययन किया गया (मानव PPA2 अवशेषों की पहचान की गई): माइटोकॉन्ड्रियल सिग्नल पेप्टाइड (1-31); और Mg2+ बाइंडिंग (164Asp, 169Asp और 201Asp), सब्सट्रेट बाइंडिंग (127Arg) और प्रोटॉन डोनर साइट (138Tyr) के रूप में कार्य करने के लिए जिम्मेदार सक्रिय साइट अवशेष। रिपोर्ट की गई यीस्ट PPA1 संरचना (PDB: 1E9G) का उपयोग करके कशेरुकी PPA1 और PPA2 के लिए पूर्वानुमानित 2D और 3D संरचनाओं की पहचान की गई। कशेरुकी PPA1 और PPA2 जीन में आमतौर पर क्रमशः 11 या 12 कोडिंग एक्सॉन होते हैं, जिसमें कशेरुकी PPA2 जीन के लिए एक विस्तारित एक्सॉन 1 और एक अतिरिक्त एक्सॉन 3 देखा गया। मानव PPA2 जीन प्रमोटर के भीतर ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट्स और CpG104 की पहचान की गई; और PPA2 3'UTR के लिए MiR-590 की पहचान की गई। फाइलोजेनेटिक विश्लेषणों ने सुझाव दिया कि एक पैतृक अकशेरुकी PPA जीन ने कशेरुकी जीन विकास की 2 अलग-अलग पंक्तियों को बनाने के लिए जीन दोहराव की घटना से गुज़रा: PPA1 और PPA2।