जर्नल ऑफ़ प्लांट पैथोलॉजी एंड माइक्रोबायोलॉजी

अमूर्त

काली मिर्च के फुट रोट रोग के कारक एजेंट फाइटोफ्थोरा कैप्सिसी से पूर्ण लंबाई वाले एलिसिटिन जीन का प्रवर्धन, क्लोनिंग और सिलिको में भविष्यवाणी

विजेश कुमार आईपी, रीना एन, आनंदराज एम, ईपेन एसजे, जॉनसन जीके और विनीता केबी

एलिसिटिन फाइटोफ्थोरा द्वारा स्रावित छोटे प्रोटीनों का एक परिवार है, जो संक्रमित पौधों में पत्ती परिगलन को प्रेरित करता है। यहाँ, हम पी. कैप्सिसी से एलिसिटिन जीन की क्लोनिंग की रिपोर्ट करते हैं, जो एक ऊमाइसीट प्लांट रोगजनक है जो मेजबान पौधों की एक विस्तृत श्रृंखला को महत्वपूर्ण नुकसान पहुंचाता है। एलिसिटिन अनुक्रम को उनके संरक्षित रूपांकनों के आधार पर अन्य फाइटोफ्थोरा जीवों के ज्ञात एलिसिटिन जीन से डिज़ाइन किए गए प्राइमरों का उपयोग करके प्रवर्धित किया गया था। पीसीआर प्रवर्धित उत्पाद आकार 256 बीपी लंबाई और अनुक्रमित उत्पाद के BLAST विश्लेषण ने पी. कैप्सिसी के अल्फा-एलिसिटिन अनुक्रमों के साथ सही मिलान दिखाया। इसके बाद, जीनोम के विरुद्ध प्रवर्धित उत्पाद की क्वेरी करके, पी. कैप्सिसी की जीनोम अनुक्रम जानकारी से एलिसिटिन के पूरे जीन को चिह्नित करने का प्रयास किया गया। पूरे जीनोम के विरुद्ध स्थानीय BLAST खोज ने पूरे कोडिंग अनुक्रम की पहचान की। आगे के अनुक्रम विश्लेषण ने प्रमोटर अनुक्रम, प्रतिलेखन प्रारंभ स्थल, एक लीडर सिग्नल अनुक्रम और एक कोर एलिसिटिन डोमेन की पहचान की, जिसमें 6 सिस्टीन अवशेष संरक्षित थे। इसके अलावा, कैप्सिसिन की त्रि-आयामी संरचना का मॉडल तैयार किया गया, तथा आणविक डॉकिंग का उपयोग करके स्टेरोल और कैप्सिसिन की बंधन आत्मीयता का अध्ययन किया गया। विकसित मॉडल ने टायर 47 के लिए मजबूत बंधन आत्मीयता की भविष्यवाणी की।