जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी एंड पैरासिटोलॉजी

अमूर्त

माइकोबैक्टीरियम जीनस की जनसंख्या संरचना के लिए एक नया प्रतिमान

पॉल जेफ़री फ़्रीडलिन

माइकोबैक्टीरियम जीनस में रोगजनक प्रजातियाँ ट्यूबरकुलोसिस और लेप्री शामिल हैं, और इसके अतिरिक्त कम से कम 148 कभी-कभी अवसरवादी रोगजनक प्रजातियाँ हैं जो पर्यावरणीय स्थानों पर कब्जा करती हैं। माइकोबैक्टीरियम जीनस एक्टिनोमाइसेट्स के क्रम में है, साथ ही अन्य एसिड-फास्ट जेनेरा में उनकी कोशिका भित्ति में माइकोलिक एसिड होते हैं, जैसे कि कोरिनेबैक्टीरियम, नोकार्डिया और रोडोकॉकस। डीएनए-निर्भर आरएनए पॉलीमरेज़ सबयूनिट बी जीन आरपीओबी, इन बैक्टीरिया के बीच अपेक्षाकृत संरक्षित है। आरपीओबी के 342 बीपी टुकड़े में अनुक्रम बहुरूपता माइकोबैक्टीरियम की अधिकांश प्रजातियों के बीच अंतर करने के लिए पर्याप्त है। हालांकि, इस बहुरूपता, या अन्य जीनोमिक क्षेत्रों में बहुरूपता के आधार पर एक मजबूत और परीक्षण योग्य फ़ाइलोजेनी या जनसंख्या संरचना का निर्माण, मायावी बना हुआ है। यह अध्ययन माइकोबैक्टीरियम जीनस जनसंख्या संरचना के समाधान के लिए एक नया प्रतिमान प्रस्तुत करता है। 5 एंजाइमों के लिए सिलिको में पाए गए प्रतिबंध एंजाइम साइट पॉलीमॉर्फिज्म पर एक न्यूनतम स्पैनिंग ट्री (MST) का निर्माण किया गया था, 47 माइकोबैक्टीरियम प्रजातियों के लिए जेनबैंक डेटा से प्राप्त 342bp rpoB टुकड़े पर, और कोरिनेबैक्टीरियम, नोकार्डिया और रोडोकॉकस से प्रत्येक एक प्रजाति। MST को अनुभवजन्य रूप से 3 क्षेत्रों में विभाजित किया गया था। सभी तेजी से बढ़ने वाले माइकोबैक्टीरिया (RGM), धीरे-धीरे बढ़ने वाले माइकोबैक्टीरिया (SGM) के एक प्रभामंडल के साथ, MST-क्षेत्र 1 में पाए गए। जीनस माइकोबैक्टीरियम जनसंख्या संरचना के MST-क्षेत्र मॉडल की शुद्धता को कुछ प्रतिबंध साइट एलील्स के सांख्यिकीय रूप से पुष्टि किए गए लिंकेज असंतुलन द्वारा मान्य किया गया था। कुछ एलील के लिए, MST-क्षेत्र 1 में SGM, MST-क्षेत्र 3 के SGM की तुलना में MST-क्षेत्र 1 के RGM से अधिक मिलता जुलता था। मॉडल ने प्रकाशित जीनोटाइपिक और फेनोटाइपिक अवलोकनों के साथ संगत रूपरेखा प्रदान की, जिसमें प्रजातियों के बीच तुलनात्मक जीनोमिक्स और राइबोसोमल आरएनए (आरआरएनए) जीन गुणों के वितरण से अपेक्षाएं शामिल हैं, और प्रजातियों के क्लैडिस्टिक समूहों की रिपोर्ट की। कोरिनेबैक्टीरियम डिप्थीरिया, नोकार्डिया नोवा और रोडोकॉकस इक्वी क्रमशः MSTक्षेत्र 2, 3 और 1 से संबंधित थे। निष्कर्ष में, जीनस माइकोबैक्टीरियम जनसंख्या संरचना का MST-क्षेत्र मॉडल मजबूत, स्पष्ट, एलील के लिए पारदर्शी, जीनोटाइप और फेनोटाइप के साथ संगत और सांख्यिकीय रूप से परीक्षण योग्य था।