जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

जीएमओ और गैर-जीएमओ सोयाबीन के बीज में प्रोटीन और फेनोलिक यौगिकों की तुलना

सविथिरी एस नटराजन*, फारूक एच खान, दवानंद एल लुथरिया, मार्क एल टकर, किजियनसॉन्ग, वेस्ले एम गैरेट

सोयाबीन प्रोटीन मानव और पशु आहार में एक मूल्यवान और महत्वपूर्ण घटक है। अमेरिका में लगाए जाने वाले सोयाबीन का लगभग 94% हिस्सा गुणवत्ता और उत्पादकता बढ़ाने के लिए आनुवंशिक रूप से संशोधित (जीएम) है। चूंकि आनुवंशिक संशोधन द्वारा मूल्य-वर्धित लक्षण लगातार विकसित किए जा रहे हैं, इसलिए यह निर्धारित करना महत्वपूर्ण है कि जीएम सोयाबीन के बीजों में कोई अनपेक्षित परिवर्तन तो नहीं हुआ है। इस जांच में, हमने तीन अलग-अलग ट्रांसजेनिक लाइनों का चयन किया है, जिन्हें एकल एग्रोबैक्टीरियम ट्यूमेफैसिएन्स टी-डीएनए इंसर्ट के साथ इवेंट 1,2 और 3 के रूप में दर्शाया गया है, जिसमें एक हर्बिसाइड-प्रतिरोध चयन योग्य जीन (बार) और एक β-ग्लुकुरोनिडेस (जीयूएस) रिपोर्टर जीन के लिए जीन शामिल हैं, जो क्रमशः एक डबल 35 एस कॉलीफ्लॉवर मोज़ेक वायरस (CaMV) प्रमोटर और एक सोयाबीन पॉलीगैलेक्टुरोनेज (ग्लाइमा12g01480) प्रमोटर का उपयोग करके व्यक्त किया गया है। ट्रांसजेनिक लाइनें और नॉनट्रांसजेनिक प्रोटिओमिक और फेनोलिक यौगिक विश्लेषण दोनों के लिए प्रोजेनिटर आइसोलिन (नियंत्रण) का उपयोग किया गया। बीज प्रोटीन दो आयामी पॉलीएक्रिलामाइड जेल वैद्युतकणसंचलन (2D-PAGE) द्वारा अलग किए गए थे। प्रति प्रोटीन अर्क में पाए गए लगभग 1300 प्रोटीन स्पॉट में से, 30 स्पॉट को नियंत्रण और तीन घटनाओं के लिए प्रोटीन जैल में उनके सापेक्ष प्रचुरता में सॉफ्टवेयर-निर्धारित अंतर (ANOVA) के आधार पर आगे के विश्लेषण के लिए चुना गया था। बोनफेरोनी सुधार के बाद के सांख्यिकीय विश्लेषण ने संकेत दिया कि तीस प्रोटीन स्पॉट में से केवल दो की प्रचुरता 1% संभावना स्तर पर काफी भिन्न थी। दो प्रोटीन स्पॉट, एक आइसोफ्लेवोन रिडक्टेस और एक क्विनाइन ऑक्सीडोरडक्टेस-जैसे प्रोटीन, घटना 2 में नियंत्रण और अन्य दो ट्रांसजेनिक घटनाओं से काफी अलग थे। सभी तीस प्रोटीन स्पॉट का विश्लेषण और पहचान मास स्पेक्ट्रोमेट्री (MS) द्वारा की गई और उसके बाद मैस्कॉट का उपयोग करके NCBI डेटाबेस की खोज की गई। खोज इंजन। प्रोटीन के अलावा, फेनोलिक यौगिकों के दो वर्गों, आइसोफ्लेवोनोइड्स और फेनोलिक एसिड का विश्लेषण एलसी-एमएस द्वारा किया गया। परिणामों ने नियंत्रण या तीन ट्रांसजेनिक घटनाओं में फेनोलिक यौगिकों के किसी भी वर्ग के लिए राशि या प्रोफ़ाइल में कोई व्यवस्थित अंतर नहीं दिखाया।