जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

अगली पीढ़ी के अनुक्रमण और जैव सूचनात्मक विश्लेषण द्वारा छोटे आरएनए पुस्तकालयों का उपयोग करके नए साइट्रस लेप्रोसिस वायरस साइटोप्लाज्मिक टाइप 2 की खोज पर एक केस स्टडी

अविजित रॉय, जोनाथन शाओ, जॉन एस हार्टुंग, विलियम श्नाइडर और आरएच ब्र्लांस्की

"नेक्स्ट-जेनेरेशन" सीक्वेंसिंग (NGS) के रूप में संदर्भित अभिनव अनुक्रमण प्रौद्योगिकी का आगमन, बिना किसी पूर्व ज्ञान के 'अज्ञात ज्ञात' और 'अज्ञात अज्ञात' वायरल रोगजनकों की पहचान करने के लिए एक नया दृष्टिकोण प्रदान करता है। संक्रमित मेजबान में अत्यंत कम टिटर पर होने पर भी पादप विषाणुओं के जीनोम को तेजी से निर्धारित किया जा सकता है। यह विधि RNA साइलेंसिंग होस्ट डिफेंस द्वारा उत्पादित 18-35 न्यूक्लियोटाइड लंबाई के छोटे RNA अणुओं की आबादी के बड़े पैमाने पर समानांतर अनुक्रमण पर आधारित है। रसायन विज्ञान, जैव सूचनात्मक उपकरणों और इंजीनियरिंग में प्रगति में सुधार ने NGS की लागत को कम कर दिया है, इसकी पहुँच बढ़ा दी है, और पादप विषाणु विज्ञान के क्षेत्र में इसके अनुप्रयोग को सक्षम किया है। इस समीक्षा में, हम एक नए साइटोप्लाज़मिक साइट्रस लेप्रोसिस वायरस (CiLV) की खोज के लिए आणविक जीव विज्ञान और जैव सूचनात्मक उपकरणों के अनुप्रयोग के साथ संयुक्त इल्युमिना GA IIX प्लेटफ़ॉर्म के उपयोग पर चर्चा करते हैं। इस नए वायरस ने CiLV के विशिष्ट लक्षण उत्पन्न किए, लेकिन पहले वर्णित वायरस के लिए सीरोलॉजिकल या पीसीआर-आधारित परख से इसका पता नहीं चला। नया वायरल जीनोम मीठे संतरे (साइट्रस साइनेंसिस) में भी कम टिटर में मौजूद था, जो अपूर्ण जीनोमिक संसाधनों वाली एक महत्वपूर्ण बागवानी फसल है। बागवानी अनुसंधान में यह एक सामान्य स्थिति है और इस दृष्टिकोण की व्यापक उपयोगिता का एक उदाहरण प्रदान करता है। नए वायरस की खोज के अलावा, अनुक्रम डेटा वायरल विकास और पारिस्थितिकी और वायरल और मेजबान ट्रांसक्रिप्टोम के बीच बातचीत के अध्ययन के लिए उपयोगी हो सकता है।