फार्माकोजेनोमिक्स और फार्माकोप्रोटिओमिक्स जर्नल

अमूर्त

एनजीएस-एचईआरसी विश्लेषण के लिए डीएनए अलगाव विधियों का सत्यापन

वान्या रास्चेनेक

पृष्ठभूमि-उद्देश्य: ऑन्कोलॉजी में अगली पीढ़ी की अनुक्रमण (एनजीएस) विश्वसनीय एनजीएस परिणाम प्राप्त करने और उसके बाद सटीक डेटा विश्लेषण के लिए उच्च गुणवत्ता वाले शुरुआती नमूना सामग्री से शुरू होती है। यहां हम एक ही नमूने से डीएनए अलगाव के तीन अलग-अलग तरीकों के निर्माता डेटा का संक्षिप्त सत्यापन प्रस्तुत करते हैं जिसमें डीएनए की उपज लिम्फोसाइट संख्या के साथ सहसंबंधित होती है। तरीके: इल्लुमिना मिसेक प्लेटफॉर्म पर एनजीएस वंशानुगत कैंसर पैनल (एचईआरसी) परीक्षण के लिए संदर्भित रोगियों से ईडीटीए ट्यूबों में पूरे रक्त के नमूने एकत्र किए गए थे। हमने 30 रोगियों पर संख्या प्रदान की। लिम्फोसाइट संख्या Sysmex XN-1000 विश्लेषक पर निर्धारित की गई थी। डीएनए अलगाव के लिए क्यूआईएजेन किट क्यूएम्प डीएनए ब्लड मिनी किट का उपयोग करके 200 µL पूरे रक्त या बफी कोट से हमने तीन अलग-अलग शुरुआती नमूनों और विधियों के डीएनए सांद्रता की तुलना की। यदि लिम्फोसाइट गिनती 1,0 x 109/L से कम है तो इष्टतम नमूना बफी कोट और QiaAmp विधि है। यदि लिम्फोसाइट गिनती 1,0 और 2,5x109/L के बीच है तो इष्टतम नमूना संपूर्ण रक्त और QiaAmp विधि है। ऐसे मामलों में जब लिम्फोसाइट गिनती 2,5x109/L से अधिक है तो उच्च गुणवत्ता वाले डीएनए और NGS विश्लेषण के लिए पर्याप्त न्यूनतम 30 ng/µl डीएनए सांद्रता प्राप्त करने के लिए QIAcube अलगाव प्रक्रिया की जा सकती है। निष्कर्ष: ऑन्कोलॉजी रोगियों में संभावित रूप से कम लिम्फोसाइट संख्या को ध्यान में रखते हुए हमने NGS विश्लेषण के लिए वैध डीएनए नमूना सुनिश्चित करने के लिए विभिन्न शुरुआती नमूनों और विधियों का उपयोग करके डीएनए अलगाव के लिए इष्टतम प्रोटोकॉल विकसित किया।