जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

इकाइयाँ: यूनिवर्सल ट्रू SDSA (संरचना-निर्भर अनुक्रम संरेखण)

स्कॉट फॉय और गेराल्ड विकॉफ

प्रेरणा: यूनिवर्सल ट्रू SDSA (संरचना-निर्भर अनुक्रम संरेखण), या UniTS, प्रोग्राम कई सुपरइम्पोज़्ड प्रोटीन त्रि-आयामी संरचनाओं से प्राप्त सबसे संभावित अमीनो एसिड अनुक्रम संरेखण की गणना करता है। इसके अतिरिक्त, इस नए जनरेट किए गए SDSA का उपयोग करते हुए, UniTS सुपरइम्पोज़्ड प्रोटीन संरचनाओं के लिए बेहतर गुणवत्ता मूल्यांकन स्कोर (जैसे, RMSD, आदि) की गणना करता है। हालाँकि परमाणु निकटता का उपयोग करके संरेखित प्रोटीन त्रि-आयामी संरचनाओं से अमीनो एसिड अनुक्रम संरेखण प्राप्त करने के लिए अन्य एल्गोरिदम विकसित किए गए हैं, इनमें से कोई भी उचित रूप से कई अवशेष मिलानों का प्रबंधन नहीं करता है, अवशेषों के गलत क्रम को रोकता है, और संरचनात्मक रूप से गैर-संरक्षित क्षेत्रों को क्रमिक रूप से संरेखित करता है। UniTS अवशेष प्रोफ़ाइल-आधारित SDSA प्रोग्राम और संरचनात्मक संरेखण प्रोग्राम में निहित कमज़ोरियों की भरपाई करता है। थ्रेडिंग और होमोलॉजी मॉडलिंग के अग्रदूतों के रूप में उपयोग किए जाने वाले अवशेष प्रोफ़ाइल-आधारित SDSA प्रोग्राम के विपरीत, UniTS वास्तव में संरचना-निर्भर है। परिणाम: यहाँ प्रस्तुत परिणाम प्रदर्शित करते हैं कि UniTS संरचनात्मक संरेखण प्रोग्राम से प्राप्त आंशिक अनुक्रम संरेखण की तुलना में पूर्ण प्रोटीन के लिए सार्वभौमिक अनुक्रम संरेखण की गणना करता है। इसके अलावा, ये परिणाम अनुक्रम संरेखण इनपुट को सुपरपोजिशनिंग प्रोग्राम में परिष्कृत करने और बेहतर संरचनात्मक गुणवत्ता मूल्यांकन स्कोर की गणना करने के लिए इस परिष्कृत संरेखण का उपयोग करने की यूनिट्स की क्षमता को प्रदर्शित करते हैं। अंत में, गुणवत्ता स्कोर निर्माण क्षमता