जर्नल ऑफ़ स्टेम सेल रिसर्च एंड थेरेपी

अमूर्त

भ्रूण स्टेम कोशिकाओं में वैकल्पिक प्रमोटरों द्वारा मानव नैनोग का ट्रांसक्रिप्शनल विनियमन

सत्यब्रत दास, स्नेहलता जेना, इयुन-मी किम, निकोलस ज़वाज़ावा और डाना एन. लेवासेउर

परिचय : सेल थेरेपी के लिए इस्तेमाल की जाने वाली प्लुरिपोटेंट स्टेम कोशिकाओं की क्षमता असीमित स्व-नवीकरण से गुजरते हुए सभी जर्म परतों की कोशिकाओं को निर्दिष्ट करने की उनकी अद्वितीय क्षमता के अंतर्निहित आणविक तंत्र की व्यापक समझ पर निर्भर करती है। वैकल्पिक स्प्लिसिंग और वैकल्पिक प्रमोटर चयन एक एकल जीन लोकस से उत्पन्न प्रतिलेखों की संख्या में वृद्धि करके इस तंत्र में योगदान करते हैं और इस प्रकार नए प्रोटीन वेरिएंट की अभिव्यक्ति को सक्षम करते हैं जो उनकी जैविक भूमिका में भिन्न हो सकते हैं। होमोडोमेन युक्त प्रतिलेखन कारक NANOG भ्रूण स्टेम कोशिकाओं (ESC) की बहुलता को बनाए रखने में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। इसलिए, ESC में NANOG लोकस के प्रतिलेखन विनियमन की गहन समझ आवश्यक है।

विधियाँ: उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण पद्धतियों का उपयोग करके प्राप्त डेटा से मानव भ्रूण स्टेम कोशिकाओं में NANOG के लिए विनियामक पदचिह्न और प्रतिलेखन स्तरों की पहचान की गई। RNA निकाले गए मानव ESC के रिवर्स प्रतिलेखन के बाद मात्रात्मक वास्तविक समय PCR का उपयोग उस क्षेत्र से प्रतिलेखों की अभिव्यक्ति को मान्य करने के लिए किया गया था जो एनोटेट किए गए NANOG प्रतिलेखन प्रारंभ के ऊपर की ओर विस्तारित होता है। प्रमोटर की पहचान और लक्षण वर्णन प्रमोटर रिपोर्टर और इलेक्ट्रोफोरेटिक मोबिलिटी शिफ्ट परख का उपयोग करके किया गया था।

परिणाम: NANOG में ज्ञात ट्रांसक्रिप्शनल स्टार्ट साइट के अपस्ट्रीम क्षेत्र में ट्रांसक्रिप्शनली सक्रिय क्रोमेटिन मार्किंग और ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट संवर्धन
देखा गया। इस ट्रांसक्रिप्शनल रूप से सक्रिय क्षेत्र से नए ट्रांसक्रिप्ट की अभिव्यक्ति ने मानव ESCs में NANOG वैकल्पिक स्प्लिसिंग के अस्तित्व की पुष्टि की। हमने इस अपस्ट्रीम क्षेत्र में महत्वपूर्ण ताकत के एक वैकल्पिक NANOG प्रमोटर की पहचान की। हमने यह भी पता लगाया कि NANOG अपने समीपस्थ डाउनस्ट्रीम प्रमोटर से बंध कर अपनी अभिव्यक्ति को स्वचालित करता है।

निष्कर्ष: हमारे अध्ययन से मानव ESCs में NANOG से नई ट्रांसक्रिप्ट अभिव्यक्ति का पता चलता है, जो दर्शाता है कि
वैकल्पिक स्प्लिसिंग NANOG लोकस से उत्पन्न ट्रांसक्रिप्ट की विविधता को बढ़ाता है