जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

स्लोपमैप: सटीक K-Mer मिलान का उपयोग करके समान अनुक्रमों की त्वरित और लचीली पहचान के लिए एक सॉफ्टवेयर अनुप्रयोग उपकरण

इल्या वाई झबानिकोव, सैमुअल एस हंटर, मैथ्यू एल सेटल्स और जेम्स ए फोस्टर

नेक्स्ट-जेनरेशन (एनजी) अनुक्रमण के आगमन के साथ, पूरे जीनोम को जल्दी और सस्ते में अनुक्रमित करना संभव हो गया है। हालाँकि, कुछ प्रयोगों में किसी को केवल अनुक्रम रीड्स के एक हिस्से को निकालने और संयोजन करने की आवश्यकता होती है, उदाहरण के लिए ट्रांसक्रिप्टोम अध्ययन करते समय, माइटोकॉन्ड्रियल जीनोम को अनुक्रमित करना, या एक्सोम को चिह्नित करना। एक पूर्ण जीनोम की कच्ची डीएनए-लाइब्रेरी के साथ रुचि के रीड्स की पहचान करना एक तुच्छ समस्या प्रतीत होगी। लेकिन असेंबली चरण से पहले BLAST, BLAT, Bowtie और SOAP जैसे जाने-माने उपकरणों को सीधे बायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइनों में शामिल करना हमेशा आसान नहीं होता है, या तो असेंबलर की फ़ाइल इनपुट के साथ असंगतता के कारण, या क्योंकि ऐसी जानकारी को शामिल करना वांछनीय है जिसे अलग से निकाला जाना चाहिए। उदाहरण के लिए, न्यूब्लर असेंबलर में रोश 454 सीक्वेंसर से फ़्लोग्राम को शामिल करने के लिए पहले उन्हें मूल SFF फ़ाइलों से निकालना आवश्यक है। हम SlopMap प्रस्तुत करते हैं, जो एक बायोइन्फॉर्मेटिक्स सॉफ़्टवेयर उपयोगिता है जो Roche 454 या Illumnia DNA लाइब्रेरी से प्रदान किए गए लक्ष्य अनुक्रमों के समान त्वरित पहचान की अनुमति देता है। असेंबली प्रोग्राम के साथ संगत फ़ाइल आउटपुट फ़ॉर्मेट के साथ एक सरल और सहज कमांड-लाइन इंटरफ़ेस के साथ, SlopMap को बिना किसी अतिरिक्त प्रोग्रामिंग कार्य के सीधे जैविक डेटा प्रोसेसिंग पाइपलाइन में एम्बेड किया जा सकता है। इसके अलावा, SlopMap Roche 454 असेंबलर के लिए आवश्यक फ़्लोग्राम जानकारी को संरक्षित करता है।