जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

संक्षिप्त टिप्पणी: संरचनात्मक मॉडल का उपयोग करके C2H2-ZF डोमेन की डीएनए-बाइंडिंग वरीयताओं की भविष्यवाणी पर: मानव CTCF पर अनुप्रयोग

अल्बर्टो मेसेगुएर, रूबेन मोलिना-फर्नांडीज, नार्सिस फर्नांडीज-फुएंटेस, ओरिओल फोर्नेस*, बाल्डो ओलिवा*

"संरचनात्मक मॉडल का उपयोग करके C2H2-ZF डोमेन की DNA-बाइंडिंग प्राथमिकताओं की भविष्यवाणी पर: मानव CTCF पर अनुप्रयोग" शीर्षक वाले कार्य में, हम Cis2-His2 जिंक फिंगर (C2H2-ZF) प्रोटीन-डोमेन के लिए उनके एमिनो एसिड अनुक्रम या संरचना से DNA-बाइंडिंग प्राथमिकताओं की भविष्यवाणी करने के लिए एक नई कम्प्यूटेशनल विधि प्रस्तुत करते हैं। यह विधि ज्ञान-आधारित सांख्यिकीय संभावनाओं के एक सेट की गणना करने के लिए प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स की संरचनाओं का उपयोग करती है। ज्ञात संरचना वाले प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स की कम संख्या को देखते हुए, हम 170000 से अधिक अनुक्रम-डिज़ाइन किए गए C2H2-ZF डोमेन के प्रयोगात्मक यीस्ट-वन-हाइब्रिड इंटरैक्शन के साथ संरचनाओं के सेट को पूरक करते हैं। हमने इस परिवार के किसी भी प्रोटीन-डीएनए कॉम्प्लेक्स की संरचना को मॉडल करने और सांख्यिकीय क्षमताओं के साथ गणना की गई इंटरैक्शन के सर्वोत्तम स्कोर के आधार पर इसकी सैद्धांतिक स्थिति भार मैट्रिक्स प्राप्त करने के लिए एक सर्वर लागू किया है। दृष्टिकोण को मान्य किया गया है और CTCF के मानव अनुक्रम पर लागू किया गया है।