जर्नल ऑफ माइक्रोबियल एंड बायोकेमिकल टेक्नोलॉजी

अमूर्त

अमीनोग्लाइकोसाइड्स के लिए संभावित लक्ष्य के रूप में राइबोस्विच की तुलना rRNA अणुओं से की गई: सिलिको अध्ययन में

एल्नाज़ मेहदीज़ादेह अघदाम, मोहम्मद एस्माईल हेजाज़ी, मोहम्मद सईद हेजाज़ी और अबोलफ़ज़ल बरज़ेगर

राइबोस्विच mRNA के गैर-कोडिंग क्षेत्र में सीआईएस अभिनय राइबोरेगुलेटर हैं। एंटीबायोटिक लक्ष्यीकरण में उनका संभावित योगदान विशेष रूप से बैक्टीरिया में FMN, TPP और लाइसिन राइबोस्विच के लिए एक दशक पहले से ही पता चला है। एमिनोग्लाइकोसाइड्स और कृत्रिम राइबोस्विच के बीच बातचीत की संभावना पर कुछ अध्ययनों के संबंध में, इस अध्ययन में हमने कम्प्यूटेशनल विधियों का उपयोग करके विभिन्न प्रकार के राइबोस्विच के साथ जेंटामाइसिन, एमिकासिन, कैनामाइसिन, नियोमाइसिन, टोब्रामाइसिन, सिसोमिसिन और पैरोमोमाइसिन सहित विभिन्न प्रकार के एमिनोग्लाइकोसाइड्स की बंधन क्षमता का मूल्यांकन करने का प्रयास किया। ऑटो डॉक विना को लागू करने पर, यह दिखाया गया कि विभिन्न प्रकार के एमिनोग्लाइकोसाइड्स (राइबोस्विच/एमिनोग्लाइकोसाइड्स) के साथ प्रत्येक प्रकार के राइबोस्विच की बंधन ऊर्जा एमिनोग्लाइकोसाइड्स के लक्ष्य स्थल के रूप में "16S rRNA A साइट" (16S rRNA A साइट/एमिनोग्लाइकोसाइड्स) के संगत बंधन पिंजरे वाले एमिनोग्लाइकोसाइड की बंधन ऊर्जा के लगभग समान या कभी-कभी उससे अधिक होती है। राइबोस्विच और एमिनोग्लाइकोसाइड्स के बीच बंधुता राइबोस्विच/प्राकृतिक लिगैंड्स की बंधुता के लगभग समान या उससे अधिक होती है। इस अध्ययन में एम्पीसिलीन का प्रयोग नकारात्मक नियंत्रण एंटीबायोटिक के रूप में किया गया और 5S rRNA को नकारात्मक नियंत्रण RNA के रूप में नियोजित किया गया। परिणामों से पता चला कि राइबोस्विच/एम्पीसिलीन और 5S rRNA/एमिनोग्लाइकोसाइड्स की बंधन ऊर्जा तदनुसार, लाइसिन, ग्लाइसिन और SAM-I राइबोस्विच को उनकी उच्च बंधन ऊर्जा के कारण सभी अमीनोग्लाइकोसाइड्स के लिए सर्वश्रेष्ठ RNA लक्ष्य के रूप में पहचाना गया। अगले चरण में, डॉकिंग परिणामों को rDock प्रोग्राम द्वारा और अधिक मान्य किया गया। इसके अलावा, यह दिखाया गया कि हाइड्रोजन बंधन अमीनोग्लाइकोसाइड्स और राइबोस्विच के बीच बंधन ऊर्जा में एक महत्वपूर्ण भूमिका निभाता है। इसके अलावा, लाइसिन राइबोस्विच/पैरोमोमाइसिन कॉम्प्लेक्स पर एमडी सिमुलेशन अध्ययनों ने मैग्नीशियम और क्लोराइड आयनों वाले विलायक में डॉक की गई संरचना की स्थिरता की पुष्टि की।