जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

नियतात्मक अनुक्रमिक नमूनाकरण का उपयोग करके प्रोटीन द्वितीयक संरचना की भविष्यवाणी

कुओ-चिंग लियांग और ज़ियाओडोंग वांग

किसी प्रोटीन की द्वितीयक संरचना का उसके एमिनो एसिड अनुक्रम से पूर्वानुमान लगाना, उसकी त्रि-आयामी संरचना के पूर्वानुमान की दिशा में एक महत्वपूर्ण कदम है। जबकि कई मौजूदा एल्गोरिदम प्रोटीन डेटा बैंक में ज्ञात द्वितीयक संरचनाओं वाले प्रोटीनों के लिए समानता और समरूपता का उपयोग करते हैं, कम समानता माप वाले अन्य प्रोटीनों को उनकी द्वितीयक संरचना की खोज के लिए एकल अनुक्रम दृष्टिकोण की आवश्यकता होती है। इस पत्र में हम एकल-अनुक्रम प्रोटीन द्वितीयक संरचना पूर्वानुमान के लिए नियतात्मक अनुक्रमिक नमूनाकरण विधि और छिपे हुए मार्कोव मॉडल पर आधारित एक एल्गोरिदम प्रस्तावित करते हैं। पूर्वानुमान विंडो अवलोकनों और अवलोकन विंडो के भीतर संभावित अनुरूपताओं पर भारित औसत के आधार पर किए जाते हैं। प्रस्तावित एल्गोरिदम मौजूदा एकल-अनुक्रम एल्गोरिदम की तुलना में वास्तविक डेटासेट पर बेहतर प्रदर्शन प्राप्त करने के लिए दिखाया गया है।