जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

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मानव हर्पीज सिम्प्लेक्स वायरस के ट्रिपलक्स कैप्सिड प्रोटीन की संरेखण समानता पर एनडब्ल्यू एल्गोरिदम और एएनएफआईएस मॉडलिंग

विपन कुमार सोहपाल, अपूर्बा डे और अमरपाल सिंह

मानव हर्पीज सिम्प्लेक्स वायरस (HHV) के ट्रिपलक्स कैप्सिड प्रोटीन की इष्टतम अनुक्रम समानता एक जटिल जैव सूचना विज्ञान समस्या है, जिसे संरेखण एल्गोरिदम, प्रतिस्थापन मैट्रिक्स, गैप पेनल्टी और गैप एक्सटेंशन द्वारा नियंत्रित किया जाता है। संरेखण समानता को इष्टतम करने के लिए उत्परिवर्तन मैट्रिक्स का सटीक विकल्प और समानता खोज के लिए आवश्यक उचित कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोण की आवश्यकता होती है। वर्तमान शोधपत्र PAM और ब्लोसम प्रतिस्थापन मैट्रिक्स के लिए संरेखण समानता को मॉडल और अनुकरण करने के लिए अनुकूली न्यूरो-फ़ज़ी इनफ़रेंस सिस्टम (ANFIS) दृष्टिकोण का उपयोग करता है। HHV-I और HHV-II के उत्परिवर्तन मैट्रिक्स और अनुक्रमों को मॉडल के इनपुट मापदंडों के रूप में लिया गया था। मॉडल फ़ज़ी इनफ़रेंस, कृत्रिम तंत्रिका नेटवर्क और फ़ज़ी नियमों के सेट का संयोजन है जिसे NW एल्गोरिदम का उपयोग करके कम्प्यूटेशनल विश्लेषण से सीधे विकसित किया गया है। प्रस्तावित मॉडलिंग दृष्टिकोण को विशिष्ट परिस्थितियों में कम्प्यूटेशनल विश्लेषण द्वारा प्राप्त किए गए अपेक्षित परिणामों के साथ देखे गए व्यावहारिक परिणामों की तुलना करके सत्यापित किया जाता है। एएनएफआईएस परीक्षण के अनुप्रयोग से पता चलता है कि प्रस्तावित मॉडल द्वारा पूर्वानुमानित प्रतिस्थापन मैट्रिक्स, 0.5% महत्व के स्तर पर प्रयोगात्मक मूल्यों के साथ पूरी तरह से सहमत है।