जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

नाइट्रिलेस के लिए मोटिफ डिजाइन

निखिल शर्मा और टेक चंद भल्ला

नाइट्रिलेज़ नाइट्राइल मेटाबोलाइज़िंग एंजाइमों में से एक है जो नाइट्राइल को संगत एसिड में परिवर्तित करने में उत्प्रेरक का काम करता है, जिसने हरित रसायन विज्ञान में महत्व प्राप्त किया है। नाइट्रिलेज़ सब्सट्रेट विशिष्ट होने के बावजूद यह नाइट्राइल (एलिफैटिक/एरोमैटिक) की एक विस्तृत श्रृंखला पर कार्य करता है, जिसने हल्के हाइड्रोलिसिस में इसकी उपयोगिता के कारण ध्यान आकर्षित किया है। अब तक रिपोर्ट किए गए अधिकांश नाइट्रिलेज़ को माइक्रोबियल/प्लांट स्रोतों से भौतिक रूप से निकाला गया है। नाइट्रिलेज़ के अनुक्रमों की पहचान करने के लिए मोटिफ के दो समूह डिज़ाइन किए गए थे यानी एलीफैटिक नाइट्रिलेज़ मोटिफ (MDMAl) और एरोमैटिक नाइट्रिलेज़ मोटिफ (MDMAr) जिनमें से प्रत्येक में चार मोटिफ विशेष रूप से नाइट्रिलेज़ से संबंधित थे, संरक्षित उत्प्रेरक ट्रायड (Glu-48, Lys-131, Cys-165) के साथ जिन्हें नाइट्रिलेज़ के लिए मार्कर के रूप में इस्तेमाल किया जा सकता है। मोटिफ इलीसिटेशन (MEME) के लिए मल्टीपल EM का उपयोग करके मल्टीपल सीक्वेंस अलाइनमेंट (MSA) करके संरक्षित क्षेत्रों की पहचान की गई। मैन्युअल रूप से डिज़ाइन किए गए मोटिफ (MDM) को स्कैनप्रोसाइट द्वारा मान्य किया गया था और उनकी उपस्थिति की पुष्टि PRATT, Gblocks और MEME द्वारा भी की गई है। MDMAr के विरुद्ध स्कैनप्रोसाइट खोज ने पौधे, जानवरों और सूक्ष्मजीवों से सुगंधित नाइट्रिलेज़ के कुछ नए स्रोतों को प्रदर्शित किया जबकि MDMAl ने केवल सूक्ष्मजीवों से नाइट्रिलेज़ प्रदर्शित किया। नाइट्राइल्स के लिए उनकी सब्सट्रेट विशिष्टता की पुष्टि करने के लिए अद्वितीय रूपांकनों की पहचान करने के अलावा, कुछ महत्वपूर्ण भौतिक रासायनिक मापदंडों और स्थिति विशिष्ट अमीनो एसिड का अध्ययन करके यादृच्छिक रूप से चयनित अनुक्रमों को मान्य किया गया।