जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

मलीय जीवाणुओं की 73 प्रजातियों के 16S rDNA मध्यवर्ती अनुक्रमों में मेजबान-विशिष्ट आनुवंशिक मार्करों की पहचान

झेन्यू शेन, निंग झांग, अज़लिन मुस्तफा, मेंगशी लिन, डोंग जू, दैयॉन्ग डेंग, मैरी रीड और गुओलू झेंग

हाल ही में माइक्रोबियल सोर्स ट्रैकिंग (MST) के लिए आनुवंशिक मार्कर के रूप में राइबोसोमल इंटरवेंशनिंग सीक्वेंस (IVS) प्रस्तावित किए गए थे। इस अध्ययन ने जैव सूचना विज्ञान और अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (NGS) के तरीकों का उपयोग करके प्रमुख फेकल बैक्टीरिया की 73 प्रजातियों के 16S rDNA के भीतर IVS की मेजबान विशिष्टताओं की व्यापक रूप से जांच की। सिलिको में तेरह प्रकार के IVS की पहचान की गई जो विशेष मेजबान प्रजातियों से जुड़े थे; वे एनारोविब्रियो, बैक्टेरॉइड्स, फेकैलिबैक्टीरियम, मित्सुओकेला, पेप्टोस्ट्रेप्टोकस, फासकोलार्क्टोबैक्टीरियम और सबडोलिग्रेनुलम प्रजातियों के बैक्टीरिया में पाए गए। तेरह प्रकार के IVS के DNA अनुक्रमों के आधार पर, पॉलीमरेज़ चेन रिएक्शन (PCR) परख विकसित की गई। लक्ष्य और गैर-लक्ष्य मेजबान प्रजातियों के मल डीएनए नमूनों का उपयोग करके पीसीआर प्रवर्धन ने प्रदर्शित किया कि 13 आईवीएस में से आठ मानव, चिकन/टर्की, गोमांस मवेशी/सुअर, या घोड़े/सुअर/मानव मल से अत्यधिक जुड़े हुए थे। आईवीएस बहुरूपता के आधार पर, एनजीएस को कई मेजबान प्रजातियों से जुड़े एकल-मेजबान-संबंधित आईवीएस की खोज के लिए लागू किया गया था। नतीजतन, गोमांस मवेशियों के लिए विशिष्ट एक नए प्रकार का आईवीएस पाया गया और मवेशियों और गैर-मवेशी मल नमूनों का उपयोग करके पीसीआर प्रवर्धन द्वारा इसकी पुष्टि की गई। परिणाम बताते हैं कि कुछ आईवीएस का उपयोग एमएसटी के लिए आनुवंशिक मार्कर के रूप में किया जा सकता है और एनजीएस नए मेजबान-विशिष्ट आनुवंशिक मार्करों की पहचान करने में उपयोगी हो सकता है।