जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

लेग्युमिनोसी परिवार में संरक्षित आरबीसीएल एमिनो एसिड अनुक्रमों की होमोलॉजी मॉडलिंग

सागर एस पटेल, मेघा बी वैद्य और दीप्ति बी शाह

यह अध्ययन भारत के गुजरात राज्य में पाए जाने वाले लेग्यूमिनोसे परिवार की कुछ प्रजातियों की होमोलॉजी मॉडलिंग पर केंद्रित है। लेग्यूमिनोसे परिवार के तीन उप-परिवार हैं जो फैबेसी (पैपिलियोनेसी), कैसलपिनियासी और मिमोसेसी हैं। प्रत्येक उप-परिवार में कुछ प्रजातियों के rbcL प्रोटीन अनुक्रमों का बहु अनुक्रम संरेखण किया गया और होमोलॉजी मॉडलिंग के लिए संरक्षित अमीनो एसिड पर विचार किया गया। विकासात्मक रूप से संबंधित प्रोटीनों के अनुक्रम समान होते हैं और स्वाभाविक रूप से पाए जाने वाले समजातीय प्रोटीनों की प्रोटीन संरचना भी समान होती है। यह दिखाया गया है कि त्रि-आयामी प्रोटीन संरचना विकासात्मक रूप से केवल अनुक्रम संरक्षण के आधार पर अपेक्षा से अधिक संरक्षित है; हमने पाया कि कुछ अमीनो एसिड हैं जो प्रत्येक उप-परिवार में समान आधार जोड़े के साथ आम हैं, भले ही वे अलग-अलग जीनस से हों। हमारे अध्ययन के पीडीबी डेटाबेस में संरक्षित अमीनो एसिड की कोई प्रोटीन संरचना उपलब्ध नहीं है, इसलिए हमने तीन आरबीसीएल प्रोटीन अनुक्रमों (प्रत्येक उप-परिवार से एक) की होमोलॉजी मॉडलिंग की, जो रामचंद्रन प्लॉट के साथ बहु अनुक्रम संरेखण और संरचना सत्यापन में संरक्षित पाए गए हैं और अनुमानित प्रोटीन संरचना में सक्रिय साइटों का पता लगाने के लिए सीएएसटीपी सर्वर का उपयोग किया गया और अंततः लेग्यूमिनोसी परिवार में कुछ संरक्षित आरबीसीएल अमीनो एसिड अनुक्रमों के इस होमोलॉजी मॉडलिंग के बाद रिपोर्ट किए गए प्रत्येक अनुमानित प्रोटीन के कार्य का पता लगाया गया।