जर्नल ऑफ बैक्टीरियोलॉजी एंड पैरासिटोलॉजी

अमूर्त

पाकिस्तानी आबादी में टाइप विशिष्ट प्राइमर जोड़े का उपयोग करके मल्टीप्लेक्स पीसीआर के माध्यम से एचबीवी जीनोटाइपिंग और फाइलोजेनेटिक विश्लेषण

जावेद इक़बाल, आबिदा रज़ा और जबर ज़मान खान खट्टक

पृष्ठभूमि: हेपेटाइटिस बी वायरस तीव्र और जीर्ण हेपेटोसेलुलर कार्सिनोमा का कारण बनता है जो एक गंभीर स्वास्थ्य समस्या है जो दुनिया भर में 350 मिलियन से अधिक लोगों को प्रभावित कर रही है। भौगोलिक दृष्टि से, अब तक एचबीवी के नौ जीनोटाइप की पहचान की गई है। (ओआरएफ पी, एस, एफ और एक्स) नामक चार ओपन रीडिंग फ्रेम इसे विशेष रूप से हेपेटोसाइट कोशिकाओं को लक्षित करने के लिए प्रस्तुत करते हैं। इसके अतिरिक्त, एचबीवी के जीवन चक्र में मौजूद रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन प्रक्रिया एडेनोवायरस की तुलना में चार ऑर्डर उच्च उत्परिवर्तन दर का कारण बनी। एचबीवी जीनोटाइप के बीच संरचनात्मक और कार्यात्मक अंतर गंभीरता, जटिलताओं, उपचार और संभवतः वायरस के खिलाफ टीकाकरण का मुख्य आधार है। हेपेटाइटिस बी जीनोटाइपिंग इसके नैदानिक ​​​​प्रभाव और भौगोलिक वितरण का आकलन करने के लिए महत्वपूर्ण है

उद्देश्य: इस अध्ययन का उद्देश्य पाकिस्तान में आबादी के बीच HBV जीनोटाइप की व्यापकता का पता लगाना था। इस शोध में, हमने HBV के नए उपभेदों और उप-जीनोटाइप का पता लगाने पर ध्यान केंद्रित किया। पाकिस्तान HBV स्थानिक देशों में से एक है, लेकिन देश में वायरस स्थानिक के उप-जीनोटाइप और उनके पुनर्संयोजन या फ़ायलोजेनेटिक संबंधितता पर कोई डेटा नहीं है। वर्तमान अध्ययन इसी परिप्रेक्ष्य में किया गया था। यह अध्ययन भविष्य के शोधकर्ताओं को पाकिस्तान में HBV से संबंधित उपभेदों के कुछ अन्य पहलुओं और इसके चिकित्सा उपचारों के बारे में अध्ययन करने में मदद करेगा।

अध्ययन का स्थान और अवधि: वर्तमान अध्ययन पॉलीमरेज़ चेन रिएक्शन (पीसीआर) लैब, न्यूक्लियर मेडिसिन, ऑन्कोलॉजी और रेडियोथेरेपी इंस्टीट्यूट [एनओआरआई], इस्लामाबाद में किया गया था, और नमूने सितंबर 2012 से फरवरी 2014 के बीच एकत्र किए गए थे।

अध्ययन डिजाइन: पहले चरण में सितंबर 2012 से फरवरी 2014 की अवधि के दौरान कुल 450 हेपेटाइटिस बी सतह एंटीजन एचबीएसएजी और एचबीवी डीएनए पॉजिटिव नमूने एकत्र किए गए और आगे के विश्लेषण के लिए न्यूक्लियर मेडिसिन ऑन्कोलॉजी एंड रेडियोथेरेपी इंस्टीट्यूट [एनओआरआई] को भेजा गया। सभी नमूनों को ए से एच तक 8 एचबीवी जीनोटाइप के लिए प्रकार विशिष्ट नेस्टेड पीसीआर प्राइमर जोड़ी विधि द्वारा जीनोटाइप किया गया था। रोगियों को उनकी उम्र और लिंग की परवाह किए बिना यादृच्छिक रूप से चुना गया था और एक लिखित सहमति (18 वर्ष से कम उम्र के मामले में माता-पिता की सहमति) प्राप्त की गई थी। अध्ययन को नैतिक समीक्षा समिति ने मंजूरी दी थी। हमारे शोध में, हमने पाकिस्तानी आबादी में प्रमुख तनाव का पता लगाने के लिए प्रकार विशिष्ट प्राइमर तकनीक का उपयोग किया है

परिणाम: हमारे परिणामों ने वायरल लोड और पहचाने गए जीनोटाइप के बीच सीधा संबंध दिखाया और यह स्पष्ट किया कि जीनोटाइप डी सबसे प्रमुख जीनोटाइप है और पाकिस्तानी आबादी में सभी जीनोटाइप के बीच उच्च अनुपात में प्रचलित है। जीनोटाइप ए के साथ बी और सी, डी के साथ बी और सी के मिश्रित एचबीवी जीनोटाइप संक्रमण सभी नमूनों का लगभग 17 प्रतिशत है। पूर्ण न्यूक्लियोटाइड अनुक्रमों में अंतर के आधार पर विभिन्न एचबीवी उपभेदों के उपजीनोटाइप की पहचान की गई है। पुष्टि के लिए सकारात्मक पीसीआर परिणाम दो बार दोहराए गए। इसके अलावा, फायलोजेनेटिक विश्लेषण ने हमारे रिपोर्ट किए गए अनुक्रमों और संदर्भ अनुक्रमों के बीच एक समरूपता का खुलासा किया। फायलोजेनेटिक विधि से पता चला कि भौगोलिक क्षेत्रों में जीनोटाइप/उप-जीनोटाइप भिन्न होते हैं

निष्कर्ष: जीनोटाइप डी की पहचान की गई और हमारे अध्ययन में डी1 और डी3 के उप-जीनोटाइप दिखाते हुए पाकिस्तानी समुदाय में यह सबसे प्रमुख जीनोटाइप निकला। जीनोटाइप ए और डी एक दूसरे के साथ सह-संक्रमण के रूप में मौजूद हैं और दूसरे प्रचलित जीनोटाइपिक समूह के रूप में योगदान दिया है। इसके अतिरिक्त, फ़ाइलोजेनेटिक विश्लेषण से पता चला है कि भौगोलिक क्षेत्रों में जीनोटाइप भिन्न होते हैं और NCBI से संदर्भ अनुक्रमों के साथ दृढ़ता से सहसंबंधित होते हैं।