कार्सिनोजेनेसिस और उत्परिवर्तन जर्नल

अमूर्त

IRF1 बाइंडिंग साइटों की जीनोम-व्यापी पहचान से कोशिका मृत्यु से जुड़े जीनों पर व्यापक कब्ज़ा का पता चलता है

एलेसेंड्रो रेटिनो और निकोल एम क्लार्क

IRF1 एक प्रतिलेखन कारक है जो इंटरफेरॉन सिग्नलिंग में शामिल है और यह ट्यूमर दमनकारी गतिविधि को आश्रय देने के लिए दिखाया गया है। IRF1 द्वारा विनियमित मार्गों की व्यापक रूप से पहचान करने के लिए, हमने IRF1 जीनोम-वाइड के जीन लक्ष्यों का मूल्यांकन करने के लिए बड़े पैमाने पर समानांतर अनुक्रमण (ChIP-seq) के बाद क्रोमेटिन इम्यूनोप्रीसिपिटेशन का उपयोग किया। हमने स्तन कैंसर कोशिकाओं में कुल 17,416 बंधन घटनाओं की पहचान की। IFNgamma (इंटरफेरॉन-गामा) उपचार के बाद बंधन स्थलों के कार्यात्मक वर्गीकरण ने निर्धारित किया कि 'एपोप्टोसिस' या 'कोशिका मृत्यु' सबसे समृद्ध लक्ष्य प्रक्रिया है। IRF1 द्वारा बंधे गुणसूत्र क्षेत्रों के मोटिफ डिस्कवरी विश्लेषण ने एपोप्टोसिस, डीएनए क्षति और प्रतिरक्षा प्रक्रियाओं से संबंधित कई अद्वितीय मोटिफ की पहचान की। IRF1-ट्रांसड्यूस्ड कोशिकाओं या IFN-गामा उपचारित फाइब्रोब्लास्ट से GEO ट्रांसक्रिप्टोम डेटा का विश्लेषण इंगित करता है कि IFN-उपचारित कोशिकाओं में IRF1-बाउंड लक्ष्य एक सकारात्मक ट्रांसक्रिप्शनल प्रतिक्रिया से जुड़े हैं। अभिव्यक्ति विश्लेषण से प्राप्त समृद्ध लक्ष्य जीनों में से कई एपोप्टोसिस से जुड़े हैं। महत्वपूर्ण रूप से, यह डेटा इंगित करता है कि IRF1 का एक महत्वपूर्ण कार्य कैंसर विरोधी एपोप्टोटिक मार्गों का विनियमन है और यह ट्यूमर दमनकर्ता के रूप में IRF1 की भूमिका को पुष्ट करता है।