जर्नल ऑफ बायोमोलेक्यूलर रिसर्च एंड थेरेप्यूटिक्स

अमूर्त

ट्रिपैनोसोमा ब्रुसेई के कारण होने वाली मानव निद्रा रोग के लिए ऑर्निथिन डिकार्बोक्साइलेज एंजाइम के विरुद्ध उम्मीदवार अवरोधक लिगैंड की इन-सिलिको पहचान

हुक्केरी एस और एलिने बतिस्ता एम्ब्रोसियो

ऑर्निथिन डिकार्बोक्सिलेज (ODC) ऑर्निथिन के डिकार्बोक्सिलेशन को पुट्रेसिन में उत्प्रेरित करता है। इसे पॉलीमाइन के जैवसंश्लेषण में एक महत्वपूर्ण कदम माना जाता है। ये पॉलीमाइन माइक्रोबियल सेल वृद्धि और प्रसार के लिए आवश्यक हैं। इसलिए, अफ्रीकी स्लीपिंग सिकनेस रोग पैदा करने वाले प्रोटोजोआ परजीवी, ट्रिपैनोसोमा ब्रुसेई के इलाज के लिए ODC एंजाइम सबसे अच्छा लक्ष्य है। ODC एक 5'-पाइरिडोक्सल फॉस्फेट (PLP) पर निर्भर, एक अनिवार्य होमोडिमर एंजाइम है जिसमें डिमर इंटरफेस पर दो समान सक्रिय साइटें होती हैं, जिसमें एक सबयूनिट से बीटा या अल्फा बैरल डोमेन और दूसरी सबयूनिट से बीटा-शीट डोमेन शामिल होता है। उत्प्रेरक अवशेषों को दोनों मोनोमर्स से सक्रिय साइट में योगदान दिया जाता है। जंगली टी. ब्रुसेई में ओडीसी पर एक एक्स-रे क्रिस्टलोग्राफी अध्ययन ने लिगैंड बाइंडिंग पर दो संरचनात्मक परिवर्तनों का खुलासा किया है; एक एमिनो एसिड अवशेष विशेष रूप से Lys-69 को पुट्रेसिन द्वारा विस्थापित किया जाता है जिससे एक नई अंतःक्रिया बनती है और Cys-360 की एक साइड चेन सक्रिय साइट पर चली जाती है। Cys अवशेष का Ala या Ser एमिनो एसिड में उत्परिवर्तन डीकार्बोक्सिलेशन प्रतिक्रिया की Kcat ऊर्जा को काफी कम कर देता है। दिलचस्प बात यह है कि लिगैंड ZINC01703953 ने वर्तमान अध्ययन में ऑटोडॉक सूट के साथ वर्चुअल स्क्रीनिंग (VS) पर आधारित 35 लिगैंडों में से -8.28 के डॉक स्कोर के साथ ODC प्रोटीन, Lys-69 कार्यात्मक एमिनो एसिड के साथ अंतःक्रिया दिखाई। एक अन्य, शीर्ष स्कोरिंग (-9.69) लिगैंड, ZINC67855534 हमारे वर्तमान VS प्रयोग से ODC एंजाइम के सक्रिय साइट गठन में शामिल एमिनो एसिड अवशेषों के साथ अंतःक्रिया करता पाया गया।