जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में डेटा माइनिंग जर्नल

अमूर्त

19 अरेबिडोप्सिस थालियाना इकोटाइप्स में एडीपी-राइबोस-1′′-मोनोफॉस्फेटेस का तुलनात्मक जीनोमिक विश्लेषण

हुइफैंग जियांग, हाइचाओ वेई, चुन्युन जियांग, वेई सन, वेन डोंग, निनी चेन, हुई झांग, यान्शीउ झाओ और ज़ेंगलान वांग

A1pp या MACRO डोमेन युक्त ADP-राइबोस-1′′-मोनोफॉस्फेटेज कोशिकाओं में एक महत्वपूर्ण प्रसंस्करण एंजाइम है, जो t-RNA प्रक्रियाओं को विभाजित करने और ADP-राइबोस-1′′- मोनोफॉस्फेट को ADP-राइबोस में उत्प्रेरित करने में भाग लेता है। हमने अरेबिडोप्सिस थालियाना में दो जीन, AT1G69340 और AT2G40600 की पहचान की और पाया कि, हालांकि अमीनो एसिड में कई अंतर थे, संरक्षित क्षेत्र की स्थानिक संरचना समान थी। हमने 19 इकोटाइप के पूरे जीनोम से डेटा का उपयोग करके प्रमोटर, कोडिंग क्षेत्र और अनट्रांसलेटेड क्षेत्र के अनुक्रम में अंतर का भी विश्लेषण किया और क्रमशः AtGenExpress डेटाबेस और RNA-seq डेटा के आधार पर Col-0 में और 19 इकोटाइप में अंकुरों में विभिन्न ऊतकों में दोनों जीन की अभिव्यक्ति की तुलना की। हमने पाया कि कुछ इकोटाइप में एक ही जीन के अलग-अलग अभिव्यक्ति पैटर्न थे और Col-0 के डेटा के अनुसार पुष्प अंगों और बीजों को छोड़कर दोनों जीनों के अभिव्यक्ति पैटर्न समान थे। इन परिणामों का तात्पर्य यह था कि इन इकोटाइप में प्रतिलेखन कारकों और प्रतिलेखन कारक बंधन स्थलों की विविधताओं के लिए इन जीनों की अभिव्यक्तियों के विनियामक तंत्र बदल गए थे। सबसे बढ़कर, हमारा शोध जीन फ़ंक्शन और जीन के फ़ंक्शन का अध्ययन करने के लिए उपयोग किए जाने वाले इकोटाइप उम्मीदवारों के विवरण के लिए कुछ जानकारी प्रदान करेगा।